NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
BackgroundCurrent genomik araştırma yöntemleri araştırmacılara muazzam miktarda veri sağlar. Biyolojik veritabanlarında yaygın olarak bulunan farklı yüksek verimli araştırma teknolojilerinden elde edilen verileri birleştirmek, yeni bulgulara yol açabilir ve araştırma verimliliğini artırabilir. Bununla birlikte, farklı heterojen kaynaklardan gelen verileri birleştirmek genellikle çok zor bir iştir. Bu kaynaklar farklı mikroarray teknoloji platformları, genomik veritabanları veya çeşitli türlerde gerçekleştirilen deneyler olabilir. Amacımız, heterojen kaynaklardan gelen verilerin birleştirilmesini kolaylaştıracak bir yazılım programı geliştirmek ve böylece araştırmacıların genomik çapraz platform / çapraz tür çalışmaları gerçekleştirmelerine ve mevcut deneysel verileri karşılaştırma çalışmaları için kullanmalarına izin vermekti.SonuçlarEnsembl veritabanından farklı veri tanımlayıcıları ve ortolog genleri ile ilgili en son genomik bilgileri kullanan CROPPER adlı web tabanlı bir yazılım kaynağı geliştirdik. CROPPER, farklı heterojen kaynaklardan gelen genomik verileri birleştirmek için kullanılabilir ve araştırmacıların karmaşık hesaplama araçlarına veya kişinin kendi kurum içi veritabanını kurma gereksinimine gerek kalmadan çapraz platform / türler arası derleme çalışmaları yapmalarını sağlar. Ayrıca, farklı kaynaklardan elde edilen kamuya açık Parkinson hastalığı verilerine dayanan basit bir çapraz platform / çapraz türler compendium çalışmasının bir örneğini sunuyoruz.ConclusionCROPPER, çapraz türler / çapraz platform compendium çalışmaları için başarıyla kullanılabilen kullanıcı dostu ve serbestçe kullanılabilen web tabanlı bir yazılım kaynağıdır.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundCurrent genomic research methods provide researchers with enormous amounts of data. Combining data from different high-throughput research technologies commonly available in biological databases can lead to novel findings and increase research efficiency. However, combining data from different heterogeneous sources is often a very arduous task. These sources can be different microarray technology platforms, genomic databases, or experiments performed on various species. Our aim was to develop a software program that could facilitate the combining of data from heterogeneous sources, and thus allow researchers to perform genomic cross-platform/cross-species studies and to use existing experimental data for compendium studies.ResultsWe have developed a web-based software resource, called CROPPER that uses the latest genomic information concerning different data identifiers and orthologous genes from the Ensembl database. CROPPER can be used to combine genomic data from different heterogeneous sources, allowing researchers to perform cross-platform/cross-species compendium studies without the need for complex computational tools or the requirement of setting up one's own in-house database. We also present an example of a simple cross-platform/cross-species compendium study based on publicly available Parkinson's disease data derived from different sources.ConclusionCROPPER is a user-friendly and freely available web-based software resource that can be successfully used for cross-species/cross-platform compendium studies.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.