NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
ArkaplanJel Elektroforezinde İki Boyutlu Fark (2D-DIGE), örnekler veya koşullar arasındaki protein ekspresyonu farklılıklarını ölçmek için güçlü bir araçtır. Bununla birlikte, jeller içindeki ve jeller arasındaki sistematik değişkenliği gidermek için verilerin normalleştirilmesi gerekir. Bu çalışmada, mevcut dört ve dört yeni normalleştirme yönteminin, 2D-DIGE ile üretilen verilerdeki sistematik önyargıyı ortadan kaldırma yeteneğini inceledik. Ayrıca, istatistiksel çerçevenin bir dizi proteinin önceden tanımlanmış ilgi fenotipleri ile bir ilişki gösterip göstermediğini belirlediği mevcut bir yöntemin değiştirilmesini önermekteyiz. Bu yöntem Parkinson hastalığının maymun modelinden (Macaca fascicularis) elde edilen verilere uygulandı.Sonuçlar2D-DIGE kullanarak, de novo veya uzun süreli L-DOPA yönetimi ile birlikte 6 kontrol ve 21 MPTP ile tedavi edilmiş maymundan striatumun protein içeriğini analiz ettik. Bu çalışmada incelenen tüm jellerin verilerinde yoğunluk ve mekansal önyargı vardı. Değerlendirilen sekiz normalleştirme yönteminden sadece ikisi ('2D loess+scale' ve 'SC-2D+quantile') hem yoğunluğu hem de mekansal önyargıyı başarıyla kaldırdı. 'SC-2D + quantile'da, yaygın olarak kullanılan loess normalleştirme yöntemini, iki kanallı mikroarray sistemlerinde üç veya daha fazla kanala sahip sistemlere uyacak şekilde boya önyargısına karşı genişlettik. Ayrıca, önerilen yöntem kullanılarak, Önceden Tanımlanmış Protein Setlerinde Diferansiyel İfade (DEPPS), parkinsonian hayvanlardaki striatumda L-DOPA'nın primer etkileri ile ilişkili çeşitli protein setleri tespit edildi. Bu kümelerden üçü enerji metabolizmasında yer alan proteinler ve mikrotübül sitoskeletonunun bir parçası olan bir set dahil proteinlerdir.Farklı yöntemlerin ConclusionComparison'u, deneysel tasarıma bağlı olarak normalleşme ve verilerin analizi için bir dizi metodolojik öneriye yol açar. 2D-DIGE verilerinin doğası gereği, anlamlılık testlerinde elde edilen p değerlerinin yalnızca sıralama olarak kullanılmasını tavsiye ederiz. Bireysel proteinler bu şekilde ilginç olabilir, ancak protein kümelerini inceleyerek sonuçların yorumlanması muhtemelen daha doğru ve biyolojik olarak bilgilendiricidir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundTwo-Dimensional Difference In Gel Electrophoresis (2D-DIGE) is a powerful tool for measuring differences in protein expression between samples or conditions. However, to remove systematic variability within and between gels the data has to be normalized. In this study we examined the ability of four existing and four novel normalization methods to remove systematic bias in data produced with 2D-DIGE. We also propose a modification of an existing method where the statistical framework determines whether a set of proteins shows an association with the predefined phenotypes of interest. This method was applied to our data generated from a monkey model (Macaca fascicularis) of Parkinson's disease.ResultsUsing 2D-DIGE we analysed the protein content of the striatum from 6 control and 21 MPTP-treated monkeys, with or without de novo or long-term L-DOPA administration. There was an intensity and spatial bias in the data of all the gels examined in this study. Only two of the eight normalization methods evaluated ('2D loess+scale' and 'SC-2D+quantile') successfully removed both the intensity and spatial bias. In 'SC-2D+quantile' we extended the commonly used loess normalization method against dye bias in two-channel microarray systems to suit systems with three or more channels.Further, by using the proposed method, Differential Expression in Predefined Proteins Sets (DEPPS), several sets of proteins associated with the priming effects of L-DOPA in the striatum in parkinsonian animals were identified. Three of these sets are proteins involved in energy metabolism and one set involved proteins which are part of the microtubule cytoskeleton.ConclusionComparison of the different methods leads to a series of methodological recommendations for the normalization and the analysis of data, depending on the experimental design. Due to the nature of 2D-DIGE data we recommend that the p-values obtained in significance tests should be used as rankings only. Individual proteins may be interesting as such, but by studying sets of proteins the interpretation of the results are probably more accurate and biologically informative.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.