NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Beyin kaynaklı nörotrofik faktör (BDNF) gen ekspresyonundaki arka planAlternasyonları, depresyon, epilepsi, kanser, Alzheimer, Huntington ve Parkinson hastalığı gibi ciddi patolojilere katkıda bulunur. Bu nedenle, BDNF düzenlemesinin mekanizmalarının araştırılması büyük bir klinik önemi temsil etmektedir. BDNF ekspresyonunu incelemek, çoklu sinir aktivitesine bağımlı ve dokuya özgü destekleyicileri nedeniyle zor olmaya devam etmektedir. Böylece, mikroarray verileri bu karmaşık genin düzenlenmesi hakkında fikir verebilir. Konvansiyonel mikroarray eş-ifade analizi genellikle veri kümelerinin birleştirilmesi veya veri kümeleri arasında önemli korelasyonların yeniden meydana gelmesinin doğrulanmasıyla gerçekleştirilir. Bununla birlikte, eş ifade kalıpları, bir veri kümesindeki alt kümelerle temsil edilen çeşitli koşullar altında farklı olabilir. Bu nedenle, bir veri kümesinin birleştirilmiş örnekleri arasında korelasyon katsayısını ölçerek veya veri kümelerini birleştirerek eş ifadeyi değerlendirmek, tüm korelasyon kalıplarını yakalayamayabilir.SonuçlarÇalışmamızda, BDNF'yi "alt küme" yaklaşımını tanıtan bir "guide-gen" olarak kullanarak kamuya açık mikroarray verilerinin meta-kolaylaştırma analizini gerçekleştirdik. Analizin temel adımları şunları içeriyordu: veri kümelerini biyolojik olarak anlamlı örnek içerikli alt kümelere (örn. doku, cinsiyet veya hastalık durumu alt kümeleri); her alt kümedeki BDNF geni ile birlikte ifade etmeyi ayrı ayrı analiz etmek; ve alt kümeler arasındaki eş ifade bağlantılarını doğrulamak. Son olarak, insan, fare ve sıçan arasındaki BDNF ile birlikte ifade edilen korumayı analiz ettik ve BDNF ve BDNF ile ilişkili genlerde korunmuş aşırı temsil edilmiş TFBS'ler aradık. Bu çalışmada keşfedilen ilişkili genler sinir sistemi gelişimini düzenler ve çeşitli kanser ve nörolojik bozukluklarla ilişkilidir. Ayrıca, burada tanımlanan birkaç transkripsiyon faktörünün BDNF ekspresyonunu in vitro ve in vivo olarak düzenlediği bildirilmiştir.Bu çalışma, tek genlerin düzenlenmesini incelemek için eş ifade koruma analizinde "alt" yaklaşımın potansiyelini göstermektedir ve BDNF gen ekspresyonunun yeni düzenleyicilerini önermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundAlterations in brain-derived neurotrophic factor (BDNF) gene expression contribute to serious pathologies such as depression, epilepsy, cancer, Alzheimer's, Huntington and Parkinson's disease. Therefore, exploring the mechanisms of BDNF regulation represents a great clinical importance. Studying BDNF expression remains difficult due to its multiple neural activity-dependent and tissue-specific promoters. Thus, microarray data could provide insight into the regulation of this complex gene. Conventional microarray co-expression analysis is usually carried out by merging the datasets or by confirming the re-occurrence of significant correlations across datasets. However, co-expression patterns can be different under various conditions that are represented by subsets in a dataset. Therefore, assessing co-expression by measuring correlation coefficient across merged samples of a dataset or by merging datasets might not capture all correlation patterns.ResultsIn our study, we performed meta-coexpression analysis of publicly available microarray data using BDNF as a "guide-gene" introducing a "subset" approach. The key steps of the analysis included: dividing datasets into subsets with biologically meaningful sample content (e.g. tissue, gender or disease state subsets); analyzing co-expression with the BDNF gene in each subset separately; and confirming co- expression links across subsets. Finally, we analyzed conservation in co-expression with BDNF between human, mouse and rat, and sought for conserved over-represented TFBSs in BDNF and BDNF-correlated genes. Correlated genes discovered in this study regulate nervous system development, and are associated with various types of cancer and neurological disorders. Also, several transcription factor identified here have been reported to regulate BDNF expression in vitro and in vivo.ConclusionThe study demonstrates the potential of the "subset" approach in co-expression conservation analysis for studying the regulation of single genes and proposes novel regulators of BDNF gene expression.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.