NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planParkinson hastalığı (PD), klinik olarak bozulmuş motor fonksiyonu ile karakterize edilen en yaygın nörodejeneratif bozukluklardan biridir. PD'nin etiyolojisi çeşitli ve karmaşık olduğundan, birçok araştırmacı PD ile ilgili araştırma kaynakları oluşturdu. Bununla birlikte, beyin ve PD çalışmaları için kaynaklar hala eksik. Bu nedenle, PD ve normal dokularda substantia nigra (SN) kullanarak PD ile ilişkili gen ve genetik varyasyonlardan oluşan bir veritabanı oluşturduk. Ek olarak, PD ile ilgili bilgileri çeşitli kaynaklardan entegre ettik.SonuçlarBeyin SN normal dokularından ve PD hastalarından 6.130 SN eksprese sıralı etiket (EST) topladık SN dokuları tam cDNA kütüphanesi ve normalleştirilmiş cDNA kütüphane yapım yöntemleri kullanarak önceki çalışmamızdan. SN EST'ler 2,951 unigen kümede kümelenmiş ve 2,678 gende atanmıştır. Daha sonra, normal ve PD SN EST frekanslarını Audic ve Claverie yöntemine dayanan 0.9'un üzerinde kesme olasılığı ile karşılaştırarak yukarı-düzenlenmiş 57 gen ve aşağı-düzenlenmiş 48 gen bulduk. Buna ek olarak, hastalıkla ilgili bilgileri kamu kaynaklarından entegre ettik. Bu PD ile ilişkili genlerin özelliklerini incelemek için, gen bölgelerinde bulunan alternatif ekleme olaylarını, tek nükleotid polimorfizmi (SNP) işaretleyicilerini, tekrar elemanlarını, gen düzenleme unsurlarını ve yolları ve protein-protein etkileşim ağlarını analiz ettik. Bu veritabanı, insan normal ve PD hastalarından SN dokularından keşfedilen EST'ler ve çeşitli kamu kaynaklarını entegre ederek 2.698 PD ile ilişkili gen içerir. PDbase, mitokondrion proteinleri, mikroRNA gen düzenleme elementleri, PD ile ilişkili gen yapıları içindeki tek nükleotid polimorfizmleri (SNP'ler) işaretleyicileri, tekrar elementleri ve protein-protein etkileşim bilgileri ile yollar ve ağlar sağlar. PDbase bilgileri, PD'nin nedenselliğini anlamaya yardımcı olabilir. http://bioportal.kobic.re.kr/PDbase/ adresinde bulunabilir. Ek veriler http://bioportal.kobic.re.kr/PDbase/suppl.jsp adresinde bulunmaktadır.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundParkinson's disease (PD) is one of the most common neurodegenerative disorders, clinically characterized by impaired motor function. Since the etiology of PD is diverse and complex, many researchers have created PD-related research resources. However, resources for brain and PD studies are still lacking. Therefore, we have constructed a database of PD-related gene and genetic variations using the substantia nigra (SN) in PD and normal tissues. In addition, we integrated PD-related information from several resources.ResultsWe collected the 6,130 SN expressed sequenced tags (ESTs) from brain SN normal tissues and PD patients SN tissues using full-cDNA library and normalized cDNA library construction methods from our previous study. The SN ESTs were clustered in 2,951 unigene clusters and assigned in 2,678 genes. We then found up-regulated 57 genes and down-regulated 48 genes by comparing normal and PD SN ESTs frequencies with over 0.9 cut-off probability of differential expression based on the Audic and Claverie method. In addition, we integrated disease-related information from public resources. To examine the characteristics of these PD-related genes, we analyzed alternative splicing events, single nucleotide polymorphism (SNP) markers located in the gene regions, repeat elements, gene regulation elements, and pathways and protein-protein interaction networks.ConclusionWe constructed the PDbase database to capture the PD-related gene, genetic variation, and functional elements. This database contains 2,698 PD-related genes through ESTs discovered from human normal and PD patients SN tissues, and through integrating several public resources. PDbase provides the mitochondrion proteins, microRNA gene regulation elements, single nucleotide polymorphisms (SNPs) markers within PD-related gene structures, repeat elements, and pathways and networks with protein-protein interaction information. The PDbase information can aid in understanding the causation of PD. It is available at http://bioportal.kobic.re.kr/PDbase/. Supplementary data is available at http://bioportal.kobic.re.kr/PDbase/suppl.jsp.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.