NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Bugüne kadar, Kuzey Amerika, Avrupa ve Asya popülasyonlarında dokuz Parkinson hastalığı (PD) genom çapında dernek çalışması yayınlanmıştır. Çalışmaların çoğunluğu, daha önce tanımlanmış genetik risk faktörleri olan SNCA ve MAPT'nin birliğini doğruladı ve iki çalışma, üç yeni PD duyarlılık loci / geni (PARK16, BST1 ve HLA-DRB5) tespit etti. Yayınlanan PD GWAS'ın beşindeki veri kümelerinin yakın tarihli bir meta-analizinde, 6 yeni aday gen (SYT11, ACMSD, STK39, MCCC1/LAMP3, GAK ve CCDC62/HIP1R) tanımlanmıştır. Bu GWAS'ta tanımlanan dernekler, PD'nin tahmini toplam kalıtsallığının sadece küçük bir kısmını oluşturur ve PD'nin genetik mimarisinin 'bilinmeyen' bir bileşeninin tanımlanmasını önerir.MethodsWe, New York'tan nispeten homojen bir Aşkenazi Yahudisi (AJ) popülasyonuna, herhangi bir SNP'yi% 2'yi aşan frekanslarla inceleyerek PD riskini veren 'nadir' ve 'ortak' genetik varyantkantürüleri aramak için bir GWAS yaklaşımı uyguladı. Bu kohortun genetik arka plan paylaşımının daha yüksek olması ve tarihsel olarak önemli bir darboğaz yaşadığından, bir keşif veri kümesi olarak genetik bir izole, AJ popülasyonuna odaklandık. Ayrıca dbGaP'den halka açık iki veri seti kullanarak bir çoğaltma çalışması yaptık. Ortak analiz veri kümesi, 2.050 vaka ve 1.836 kontrolden oluşan birleşik bir örneklem boyutuna sahipti.SonuçlarAJ veri kümesinde en güçlü ilişki kanıtlarını gösteren en iyi 57 SNP'yi belirledik (p SonuçlarımızPD aday geninde AJ veri kümesinin ve SNP keşfinin hem dbGaP veri kümelerinde daha büyük bir örneklem boyutuna sahip replikasyon hem de daha önce tanımlanmış PD yatkınlık genlerinin replike edilmesiyle faydasını gösterdik. GWAS çalışmamız, nöronal sinyalizasyon ve dopamin yolunda yer alan PD için aday gen bölgelerini belirlemiştir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundTo date, nine Parkinson disease (PD) genome-wide association studies in North American, European and Asian populations have been published. The majority of studies have confirmed the association of the previously identified genetic risk factors, SNCA and MAPT, and two studies have identified three new PD susceptibility loci/genes (PARK16, BST1 and HLA-DRB5). In a recent meta-analysis of datasets from five of the published PD GWAS an additional 6 novel candidate genes (SYT11, ACMSD, STK39, MCCC1/LAMP3, GAK and CCDC62/HIP1R) were identified. Collectively the associations identified in these GWAS account for only a small proportion of the estimated total heritability of PD suggesting that an 'unknown' component of the genetic architecture of PD remains to be identified.MethodsWe applied a GWAS approach to a relatively homogeneous Ashkenazi Jewish (AJ) population from New York to search for both 'rare' and 'common' genetic variants that confer risk of PD by examining any SNPs with allele frequencies exceeding 2%. We have focused on a genetic isolate, the AJ population, as a discovery dataset since this cohort has a higher sharing of genetic background and historically experienced a significant bottleneck. We also conducted a replication study using two publicly available datasets from dbGaP. The joint analysis dataset had a combined sample size of 2,050 cases and 1,836 controls.ResultsWe identified the top 57 SNPs showing the strongest evidence of association in the AJ dataset (p ConclusionsWe have demonstrated the utility of the AJ dataset in PD candidate gene and SNP discovery both by replication in dbGaP datasets with a larger sample size and by replicating association of previously identified PD susceptibility genes. Our GWAS study has identified candidate gene regions for PD that are implicated in neuronal signalling and the dopamine pathway.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.