NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planPandemik ve mevsimsel solunum virüsleri küresel bir sağlık sorunudur. Solunum virüslerinin genetik çeşitliliği ve ilaca dirençli suşların ortaya çıkması göz önüne alındığında, insan konak-virüs etkileşimlerinin hedeflenen bozulması, multi-viral enfeksiyonların tedavisinde potansiyel bir terapötik stratejidir. Ev sahibi-patojen etkileşimlerine odaklanan büyük ölçekli genomik veri kümelerinin mevcudiyeti, yeni ilaç hedeflerinin yanı sıra ilaç yeniden konumlandırması için potansiyel fırsatları keşfetmek için kullanılabilir.Bu çalışmada, influenza A virüsü, solunum sintilovirüsü, gergedan virüsü, SARS-koronavirüsü, metapnövirüsü enfeksiyonlarına ev sahibi yanıtını içeren mikroarray veri kümelerinin büyük ölçekli bir analizini gerçekleştirdik. Ortak genler ve yollar, ilgili konak mRNA ekspresyon veri kümelerinin tanımlandığı, kalite ve gen diferansiyel ekspresyonu için analiz edildiği, daha sonra zenginleştirme analizi için yollara haritalandırılan titiz, yineleyici bir analiz boru hattı yoluyla bulundu. Veri tabanı ve literatür aramaları yoluyla olası yeniden tasarlanmış uyuşturucu hedefleri bulundu. Analiz edilen yedi farklı solunum virüsü arasında on beş laboratuvar, dokuz farklı hücre tipi ve yedi farklı dizi platformunu temsil eden toplam 67 ortak biyolojik yol tespit edildi. Genel bağışıklık yanıtındaki büyük bir örtüşme, bu 67 yolun ilk yirmisi arasında gözlemlendi ve analiz stratejimize doğrulama eklendi. İlk beş yoldan, yedi virüsün en az beşinden etkilenen 53 farklı ifade edilmiş gen bulduk. F3, IL1B, TNF, CASP1 ve MMP9 genleri tarafından kodlanan proteinleri hedefleyen mevcut küçük moleküller veya biyolojik ajanlar için beş yeni terapötik endikasyon önermekteyiz. Pathway zenginleştirme analizi ayrıca potansiyel bir yeni konak yanıtı, nörodejeneratif Parkinson hastalığının ilerlemesinde yer aldığı bilinen Parkin-Ubiquitin Proteazomal Sistemi (Parkin-UPS) yolunu tanımladı. Bu yolların daha ileri analizleri, terapötik müdahale için potansiyel fırsatları göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundPandemic and seasonal respiratory viruses are a major global health concern. Given the genetic diversity of respiratory viruses and the emergence of drug resistant strains, the targeted disruption of human host-virus interactions is a potential therapeutic strategy for treating multi-viral infections. The availability of large-scale genomic datasets focused on host-pathogen interactions can be used to discover novel drug targets as well as potential opportunities for drug repositioning.Methods/resultsIn this study, we performed a large-scale analysis of microarray datasets involving host response to infections by influenza A virus, respiratory syncytial virus, rhinovirus, SARS-coronavirus, metapneumonia virus, coxsackievirus and cytomegalovirus. Common genes and pathways were found through a rigorous, iterative analysis pipeline where relevant host mRNA expression datasets were identified, analyzed for quality and gene differential expression, then mapped to pathways for enrichment analysis. Possible repurposed drugs targets were found through database and literature searches. A total of 67 common biological pathways were identified among the seven different respiratory viruses analyzed, representing fifteen laboratories, nine different cell types, and seven different array platforms. A large overlap in the general immune response was observed among the top twenty of these 67 pathways, adding validation to our analysis strategy. Of the top five pathways, we found 53 differentially expressed genes affected by at least five of the seven viruses. We suggest five new therapeutic indications for existing small molecules or biological agents targeting proteins encoded by the genes F3, IL1B, TNF, CASP1 and MMP9. Pathway enrichment analysis also identified a potential novel host response, the Parkin-Ubiquitin Proteasomal System (Parkin-UPS) pathway, which is known to be involved in the progression of neurodegenerative Parkinson's disease.ConclusionsOur study suggests that multiple and diverse respiratory viruses invoke several common host response pathways. Further analysis of these pathways suggests potential opportunities for therapeutic intervention.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.