NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Parkinson hastalığı (PD), büyük ölçüde bilinmeyen genetik mekanizmalara sahip karmaşık bir nörodejeneratif bozukluktur. PD'deki dopaminerjik nöronların dejenerasyonu esas olarak substantia nigra pars compakta (SN) bölgesinde gerçekleşirken, prefrontal korteks de dahil olmak üzere diğer beyin bölgeleri, PD'nin nöropatolojik özelliği olan Lewy cisimlerini geliştirir. 44K Tek Renkli Agilent 60-mer Tüm İnsan Genom Mikroarray'ı kullanarak 27 PD ve 26 kontrol numunesinin prefrontal korteks Brodmann Alanı 9 (BA9) ekspresyon verilerini ürettik ve analiz ettik. Tüm örnekler erkekti, önemli Alzheimer hastalığı patolojisi yoktu ve kapsamlı patolojik açıklama mevcuttu. Analiz edilen 39.122 ifade sondasının 507'si, PD ve kontrol örnekleri arasında% 5'lik yanlış keşif oranında (FDR) farklıydı. PD'de anlamlı derecede artan ekspresyona sahip genlerden biri, çatal başlı kutu O1 (FOXO1) transkripsiyon faktörü idi. Özellikle, FoxO1 bağlanma bölgesini taşıyan genler, FDR-önemli gen grubunda önemli ölçüde zenginleştirildi (189 prob tarafından kapsanan 177 gen), gözlenen ifade değişikliklerinin FoxO1 yukarı akışı için bir rol olduğunu düşündürdü. PD genom çapında yapılan yakın tarihli bir meta-analizden (GWAS) seçilen tek nükleotitli polimorfizmler (SNP'ler) 53 mikroarray beyinden 50 tanesinde başarılı bir şekilde genotiplendi ve genom çapında PD ilgisi ile ilişkili 52 SNP'ler ve FoxO1 tarafından düzenlenmiş genlerden 189 prob için hedeflenen bir ekspresyon-SNP (eSNP) analizine izin verildi. Siklin G ilişkili kinaz (GAK) genindeki bir SNP ile spermin oksidaz (SMOX) genindeki bir prob arasında önemli bir ilişki gözlenmiştir. FOXO1 bölgesinin mevcut altı GWAS'ın meta-analizinde daha fazla incelenmesi, PD'nin başlangıcında yaşla önemli ölçüde ilişkili iki SNP'yi gösterdi. Bu sonuçlar FOXO1'i PD-ilişkili bir gen olarak içerir ve transkripsiyonel düzenleyici mekanizmalarının daha fazla fonksiyonel analizini garanti eder.
Özgün kaynak özetini okuyun
Parkinson disease (PD) is a complex neurodegenerative disorder with largely unknown genetic mechanisms. While the degeneration of dopaminergic neurons in PD mainly takes place in the substantia nigra pars compacta (SN) region, other brain areas, including the prefrontal cortex, develop Lewy bodies, the neuropathological hallmark of PD. We generated and analyzed expression data from the prefrontal cortex Brodmann Area 9 (BA9) of 27 PD and 26 control samples using the 44K One-Color Agilent 60-mer Whole Human Genome Microarray. All samples were male, without significant Alzheimer disease pathology and with extensive pathological annotation available. 507 of the 39,122 analyzed expression probes were different between PD and control samples at false discovery rate (FDR) of 5%. One of the genes with significantly increased expression in PD was the forkhead box O1 (FOXO1) transcription factor. Notably, genes carrying the FoxO1 binding site were significantly enriched in the FDR-significant group of genes (177 genes covered by 189 probes), suggesting a role for FoxO1 upstream of the observed expression changes. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) selected from a recent meta-analysis of PD genome-wide association studies (GWAS) were successfully genotyped in 50 out of the 53 microarray brains, allowing a targeted expression-SNP (eSNP) analysis for 52 SNPs associated with PD affection at genome-wide significance and the 189 probes from FoxO1 regulated genes. A significant association was observed between a SNP in the cyclin G associated kinase (GAK) gene and a probe in the spermine oxidase (SMOX) gene. Further examination of the FOXO1 region in a meta-analysis of six available GWAS showed two SNPs significantly associated with age at onset of PD. These results implicate FOXO1 as a PD-relevant gene and warrant further functional analyses of its transcriptional regulatory mechanisms.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.