NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Karmaşık biyolojik sistemler genellikle az sayıda pertürbasyonun sistemi önemli ölçüde bozabileceği sağlamlık ve kırılganlık arasında bir takas oluşturur. Biyolojik sistemler birçok dış ve iç koşulda değişikliklere karşı sağlam olsa da, tek bir mutasyon bile sistemi önemli ölçüde bozabilir ve patofenotipe yol açabilir. İnsan hastalıklarının altındaki ardışık varyasyonların tanımlanması ve analiz edilmesindeki son gelişmeler, çeşitli hastalık fenotiplerinin altında yatan mekanizmaların sistemik bir görüşünü kavramaya yardımcı olur. Ağ tabanlı hastalık-gen önceliklendirme yöntemleri, proteinleri birbirleriyle etkileşime giren genlerin benzer fenotipler sergileme eğiliminde olduğu hipotezi altında bir hastalıktaki genlerin alaka düzeyini sıralar. Bu çalışmada, Man veritabanındaki Çevrimiçi Mendel Mirası'ndan çeşitli hastalık fenotipleri kullanarak sistemin pertürbasyonları ile ilgili olarak çeşitli ağ tabanlı hastalık-gen önceliklendirme yöntemlerinin sağlamlığını test ettik. Bu pertürbasyonlar ya protein-protein etkileşim ağında ya da bilinen hastalık-gen dernekleri kümesinde tanıtıldı. Ağ tabanlı hastalık-gen önceliklendirme yöntemleri, bilinen hastalık-gen dernekleri arasındaki bağlantıya dayandığından, bu yöntemleri gizli hastalık-genlerin geri kazanılabilirliği ile ilgili patofenotipleri kategorize etmek için daha fazla kullandık. Sonuçlarımız, genel olarak, hastalık-genlerinin insan interaktomundaki çoklu yollar aracılığıyla bağlandığını öne sürmüştür. Dahası, bu yollar rahatsız olduğunda bile, ağ tabanlı önceliklendirme, meme kanseri, kardiyomiyopati, diyabet, lösemi, parkinson hastalığı ve obezite gibi bazı patofenotiplerde gizli hastalık-gen ilişkilerini, bu çalışmada test edilen diğer patofenotiplere kıyasla daha geniş bir alana kadar ortaya çıkarabilir. Gen Ontolojisi (GO) analizi, bu tür hastalıklar için fonksiyonel çeşitliliğin rolünü vurguladı.
Özgün kaynak özetini okuyun
Complex biological systems usually pose a trade-off between robustness and fragility where a small number of perturbations can substantially disrupt the system. Although biological systems are robust against changes in many external and internal conditions, even a single mutation can perturb the system substantially, giving rise to a pathophenotype. Recent advances in identifying and analyzing the sequential variations beneath human disorders help to comprehend a systemic view of the mechanisms underlying various disease phenotypes. Network-based disease-gene prioritization methods rank the relevance of genes in a disease under the hypothesis that genes whose proteins interact with each other tend to exhibit similar phenotypes. In this study, we have tested the robustness of several network-based disease-gene prioritization methods with respect to the perturbations of the system using various disease phenotypes from the Online Mendelian Inheritance in Man database. These perturbations have been introduced either in the protein-protein interaction network or in the set of known disease-gene associations. As the network-based disease-gene prioritization methods are based on the connectivity between known disease-gene associations, we have further used these methods to categorize the pathophenotypes with respect to the recoverability of hidden disease-genes. Our results have suggested that, in general, disease-genes are connected through multiple paths in the human interactome. Moreover, even when these paths are disturbed, network-based prioritization can reveal hidden disease-gene associations in some pathophenotypes such as breast cancer, cardiomyopathy, diabetes, leukemia, parkinson disease and obesity to a greater extend compared to the rest of the pathophenotypes tested in this study. Gene Ontology (GO) analysis highlighted the role of functional diversity for such diseases.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.