Mouse IDGenes: a reference database for genetic interactions in the developing mouse brain.

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Fare ve diğer omurgalılardaki gelişim süreçlerinin incelenmesi, ön-posterior, dorsal-ventral ve medial-lateral eksen boyunca desenlemenin anlaşılmasını içerir. Özellikle, nöral gelişim aynı zamanda büyük bir klinik öneme sahiptir, çünkü şizofreni, otizm bozuklukları veya ilaç bağımlılığı ve ayrıca beyin malformasyonları gibi birkaç insan nöropsikiyatrik bozukluğunun nörogelişimsel kökenlere sahip olduğu düşünülmektedir, yani patogenez çocukluk ve ergenlik döneminde başlar. Erken nörogelişim sırasındaki etkiler, Parkinson hastalığı gibi geç başlangıçlı nörodejeneratif bozukluklara da yatkınlık gösterebilir. Nöral tüp, öncül dokusundan, nöral plakadan, morfogenetik birimlere bölme ile, yerel sinyal merkezlerinin etkisi ve genlerin iyi tanımlanmış ve yerel olarak kısıtlanmış bir ifadesi ve etkileşimleri ile belirlenen bir desenleme işleminde gelişir. Kamu veritabanları, gen ekspresyonu verilerini spatio-zamansal çözünürlükle sağlarken, genellikle nöral gelişimi yöneten genetik etkileşimleri ihmal ederler. Burada, gelişmekte olan fare beynindeki genetik etkileşimler için bir referans veritabanı olan Mouse IDGenes'i tanıtıyoruz. Veri tabanı son derece küratörlüdür ve gen ifadeleri ve gelişmekte olan orta/arka beyin sınırındaki genetik etkileşimler hakkında ayrıntılı bilgi sunar. Etkileşim verilerinin öngörüsel gücünü sergilemek için, makine öğrenimi ile yeni Wnt/beta-katenin hedef genlerini ortaya koyuyor ve bunlardan birini deneysel olarak doğruluyoruz. Database düzenli olarak güncellenmektedir. Ayrıca, araştırma topluluğu tarafından kolayca genişletilebilir. Mouse IDGenes, yalnızca veri alımı sunarak değil, aynı zamanda veri girişine izin vererek fare beyni gelişimi üzerine araştırmaya önemli bir kaynak olarak katkıda bulunacaktır.Database urlhttp://mouseidgenes.helmholtz-muenchen.de.

Özgün kaynak özetini okuyun

The study of developmental processes in the mouse and other vertebrates includes the understanding of patterning along the anterior-posterior, dorsal-ventral and medial- lateral axis. Specifically, neural development is also of great clinical relevance because several human neuropsychiatric disorders such as schizophrenia, autism disorders or drug addiction and also brain malformations are thought to have neurodevelopmental origins, i.e. pathogenesis initiates during childhood and adolescence. Impacts during early neurodevelopment might also predispose to late-onset neurodegenerative disorders, such as Parkinson's disease. The neural tube develops from its precursor tissue, the neural plate, in a patterning process that is determined by compartmentalization into morphogenetic units, the action of local signaling centers and a well-defined and locally restricted expression of genes and their interactions. While public databases provide gene expression data with spatio-temporal resolution, they usually neglect the genetic interactions that govern neural development. Here, we introduce Mouse IDGenes, a reference database for genetic interactions in the developing mouse brain. The database is highly curated and offers detailed information about gene expressions and the genetic interactions at the developing mid-/hindbrain boundary. To showcase the predictive power of interaction data, we infer new Wnt/β-catenin target genes by machine learning and validate one of them experimentally. The database is updated regularly. Moreover, it can easily be extended by the research community. Mouse IDGenes will contribute as an important resource to the research on mouse brain development, not exclusively by offering data retrieval, but also by allowing data input.Database urlhttp://mouseidgenes.helmholtz-muenchen.de.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.