NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planGenom çapında dernek çalışmaları, insan hastalıkları için ortak genetik varyantları belirlemede başarılı olmuştur. Bununla birlikte, Parkinson hastalığı gibi hastalıklarla ilişkili kalıtsal varyasyonun çoğu, daha birçok risk lokusu tespit edilmediğini öne süren bilinmemektedir. Nadir varyantlar, eksik kalıtsallığı açıklamak için hastalık derneği çalışmalarında önemli hale gelmiştir. Bu tür bir derneği tespit etme yöntemleri, aday genler ve bölgedeki varyantları birleştirme konusunda önceden bilgi sahibi olmayı gerektirir. Bu yöntemler, birçok nötr varyant veya zıt etkilere sahip nedensel varyantların olduğu durumlarda güç kaybından muzdarip olabilir.SonuçlarGenetik varyantları tarayarak bölgeyi en çok nadir ve / veya yaygın nedensel varyantlarla hastalık genini barındıran bir yöntem önermekteyiz. Yöntemimiz, puanlama sistemimize göre her bir varyantta bir puan atar. Bölgeyi hastalık ilişkisiyle tanımlamak için agrega puanları kullanır. Performansı 1000 Genom sıralama verisine dayanarak simülasyonla değerlendirir ve yaygın olarak kullanılan üç yöntemle karşılaştırırız. Parkinson hastalığı vaka kontrol veri setini yöntemimizin uygulanmasını göstermek için model olarak kullanıyoruz. Bizim yöntemimiz CMC ve WSS'den daha iyi güce ve 1000 Genom sıralama verilerine dayanan simülasyon altında iyi kontrol edilen tip I hatası ile SKAT-O'ya benzer bir güce sahiptir. Gerçek veri analizinde, alfa-sinüklein geninin (SNCA) Parkinson hastalığı ile ilişkisini doğrularız (p = 0.005). Ayrıca hyaluronan synthase 2 (HAS2, p = 0.028) ve transmembran protein 1 (KREMEN1, p = 0.006) içeren kringle ile olan ilişkiyi de tanımlıyoruz. KREMEN1, Parkinson hastalığında nörodejenerasyon için önemli bir rol oynadığı gösterilen Wnt sinyalizasyon yolu ile ilişkilidir.SonuçlarBizim yöntemimiz zaman verimlidir ve nötr varyantların dahil edilmesine ve nedensel varyantların yön etkisine daha az duyarlıdır. Genomik bir bölgeyi veya kromozomu hastalıkla ilişkili bir bölgeye daraltabilir. Parkinson hastalığını model olarak kullanan yöntemimiz, bilinen bir gen için ilişkiyi doğrulamakla kalmaz, aynı zamanda daha önce diğer çalışmalar tarafından bulunan iki geni de tanımlar. Mevcut birçok yönteme rağmen, yöntemimizin hem nadir hem de yaygın varyantları içeren genomik verileri keşfetmek için etkili bir alternatif olarak hizmet ettiği sonucuna varıyoruz.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundGenome-wide association studies have been successful in identifying common genetic variants for human diseases. However, much of the heritable variation associated with diseases such as Parkinson's disease remains unknown suggesting that many more risk loci are yet to be identified. Rare variants have become important in disease association studies for explaining missing heritability. Methods for detecting this type of association require prior knowledge on candidate genes and combining variants within the region. These methods may suffer from power loss in situations with many neutral variants or causal variants with opposite effects.ResultsWe propose a method capable of scanning genetic variants to identify the region most likely harbouring disease gene with rare and/or common causal variants. Our method assigns a score at each individual variant based on our scoring system. It uses aggregate scores to identify the region with disease association. We evaluate performance by simulation based on 1000 Genomes sequencing data and compare with three commonly used methods. We use a Parkinson's disease case-control dataset as a model to demonstrate the application of our method. Our method has better power than CMC and WSS and similar power to SKAT-O with well-controlled type I error under simulation based on 1000 Genomes sequencing data. In real data analysis, we confirm the association of α-synuclein gene (SNCA) with Parkinson's disease (p = 0.005). We further identify association with hyaluronan synthase 2 (HAS2, p = 0.028) and kringle containing transmembrane protein 1 (KREMEN1, p = 0.006). KREMEN1 is associated with Wnt signalling pathway which has been shown to play an important role for neurodegeneration in Parkinson's disease.ConclusionsOur method is time efficient and less sensitive to inclusion of neutral variants and direction effect of causal variants. It can narrow down a genomic region or a chromosome to a disease associated region. Using Parkinson's disease as a model, our method not only confirms association for a known gene but also identifies two genes previously found by other studies. In spite of many existing methods, we conclude that our method serves as an efficient alternative for exploring genomic data containing both rare and common variants.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.