NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Parkinson hastalığında (PD) genom çapında ilişki çalışmaları (GWAS) hastalık riski ile ilişkili 20'den fazla genomik bölge tespit etmiştir. Bu lokusların birçoğu, nedensel geni saptamayı zorlaştıran birkaç aday gen içerir. Kromozom 2q24.3 üzerindeki lokus üç geni kapsar: B3GALT1, STK39 ve CERS6. Nedensel varyantların basit anlamlı değişiklikler olup olmadığını belirlemek için, PD'li 187 hastada bu üç genin 31 eksonunu sıraladık. Dört non-senonymous ve üç ekleme/deletion varyantları (indels) da dahil olmak üzere 13 eksonik varyant tespit ettik. Bu senonym olmayan varyantlar ve rs2102808, GWAS etiketi SNP, toplam 1976 hasta ve 1596 kontrolden oluşan üç bağımsız seride genotiplenmiştir. Sonuçlarımız, tanımlanan yedi 2q24.3 kodlama varyantının lokustaki GWAS ilişkilendirme sinyalinden bağımsız olarak sorumlu olmadığını göstermektedir; Bununla birlikte, hem rs2102808 hem de bir STK39 ekson 1 6bp indel varyantı içeren bir haplotip vardır, bu da PD riski ile önemli ölçüde ilişkilidir (Odds Oranı [OR] = 1.35,% 95 CI: 1.11-1.64, P = 0.003). Bu haplotip, iki varyantın her birinden bağımsız olarak daha fazla ilişkilidir (OR = 1.23, P = 0.005 ve 1.10, P = 0.10, sırasıyla). Bulgularımız, risk varyantının muhtemelen kodlamayan bir bölgede bulunduğunu göstermektedir. Promotör ve düzenleyici bölgeler de dahil olmak üzere lokusların ek dizilimi, bu lokustaki ilişkiyi belirlemek için gerekli olacaktır ve bu da PD için artan bir riske yol açar.
Özgün kaynak özetini okuyun
Genome-wide association studies (GWAS) in Parkinson's disease (PD) have identified over 20 genomic regions associated with disease risk. Many of these loci include several candidate genes making it difficult to pinpoint the causal gene. The locus on chromosome 2q24.3 encompasses three genes: B3GALT1, STK39, and CERS6. In order to identify if the causal variants are simple missense changes, we sequenced all 31 exons of these three genes in 187 patients with PD. We identified 13 exonic variants including four non-synonymous and three insertion/deletion variants (indels). These non-synonymous variants and rs2102808, the GWAS tag SNP, were genotyped in three independent series consisting of a total of 1976 patients and 1596 controls. Our results show that the seven identified 2q24.3 coding variants are not independently responsible for the GWAS association signal at the locus; however, there is a haplotype, which contains both rs2102808 and a STK39 exon 1 6bp indel variant, that is significantly associated with PD risk (Odds Ratio [OR] = 1.35, 95% CI: 1.11-1.64, P = 0.003). This haplotype is more associated than each of the two variants independently (OR = 1.23, P = 0.005 and 1.10, P = 0.10, respectively). Our findings suggest that the risk variant is likely located in a non-coding region. Additional sequencing of the locus including promoter and regulatory regions will be needed to pinpoint the association at this locus that leads to an increased risk to PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.