NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
BackgroundExpression nicel özellik loci (eQTL) analizi, gen ekspresyonu ve genomik varyantlar arasındaki korelasyonları tespit etmek için güçlü bir yöntemdir ve tanımlanmış genom geniş ilişkilendirme çalışmalarının (GWAS) risk loci'sinin altında yatan biyolojik mekanizmayı yorumlamak için yaygın olarak kullanılır. Çoğunluğun mikroarray teknolojisine dayandığı farklı hücre tipleri ve dokular üzerinde çok sayıda eQTL çalışması yapılmıştır.MetodlarBurada, insan postmortem frontal lob dokusundan oluşturulan kapak analizi gen ekspresyon dizilimi (CAGEseq) verilerine dayanan bir eQTL analizi sunuyoruz. Genotip dizileri, exome dizilimleri ve CAGeseq ile elde edilen genotiplerle birleştirildi. CAGEseq'i bu farklı genotipleme teknikleri ile birleştirilmiş bir ifade profilleme tekniği olarak kullanmak, varyantların bireysel transkripsiyon başlangıç siteleri üzerindeki moleküler etkisinin ölçülmesine izin verir ve genomun notlanmamış kısımlarını da ekleyerek eQTL analizinin çözünürlüğünü arttırır.Sonuçlar2410 eQTL'leri tanımladık ve kodlama transkriptlerinden, özellikle antisense transkriptlerinden daha fazla bir eQTL içerdiğini gösterdik. Daha önce şizofreni (NRGN), Parkinson hastalığı ve Alzheimer hastalığı (PARK16 ve MAPT loci) için GWAS lokusu tespit edilmişse moleküler düzeyde hastalık riskini nasıl artırabileceğine dair kanıtlar sunuyoruz. Ayrıca, CAGEseq'ten elde edilen varyantların işlevsel bir etkiye sahip olması için oldukça zenginleştirilmiş olması ve bu nedenle nedensel varyantların tanımlanmasına yönelik verimli bir yöntem olması nedeniyle, CAGEseq'in eQTL analizini geliştirdiğini gösteriyoruz.Datalarımız hem kodlama hem de kodlama olmayan transkriptler içerir ve doğrudan TSS'ye bitişik varyantlar için eQTL'leri tanımladığımız katma değere sahiptir. Gelecekteki eQTL çalışmaları, transkriptomun daha eksiksiz bir yorumu ve eQTL sinyallerinin daha fazla anlaşılması için CAGEseq'i RNA dizilemesi ile birleştirmeden yararlanacaktır.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundExpression quantitative trait loci (eQTL) analysis is a powerful method to detect correlations between gene expression and genomic variants and is widely used to interpret the biological mechanism underlying identified genome wide association studies (GWAS) risk loci. Numerous eQTL studies have been performed on different cell types and tissues of which the majority has been based on microarray technology.MethodsWe present here an eQTL analysis based on cap analysis gene expression sequencing (CAGEseq) data created from human postmortem frontal lobe tissue combined with genotypes obtained through genotyping arrays, exome sequencing, and CAGEseq. Using CAGEseq as an expression profiling technique combined with these different genotyping techniques allows measurement of the molecular effect of variants on individual transcription start sites and increases the resolution of eQTL analysis by also including the non-annotated parts of the genome.ResultsWe identified 2410 eQTLs and show that non-coding transcripts are more likely to contain an eQTL than coding transcripts, in particular antisense transcripts. We provide evidence for how previously identified GWAS loci for schizophrenia (NRGN), Parkinson's disease, and Alzheimer's disease (PARK16 and MAPT loci) could increase the risk for disease at a molecular level. Furthermore, we demonstrate that CAGEseq improves eQTL analysis because variants obtained from CAGEseq are highly enriched for having a functional effect and thus are an efficient method towards the identification of causal variants.ConclusionOur data contain both coding and non-coding transcripts and has the added value that we have identified eQTLs for variants directly adjacent to TSS. Future eQTL studies would benefit from combining CAGEseq with RNA sequencing for a more complete interpretation of the transcriptome and increased understanding of eQTL signals.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.