NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Yaralı sinirlerin rejenerasyonu muhtemelen periferik sinir sisteminde meydana gelir, ancak merkezi sinir sisteminde gerçekleşmez. Protein kodlayan gen ekspresyonu sinir rejenerasyonu sırasında değerlendirilmiş olsa da, şu anda kodlamayan RNA'ların (ncRNA'ların) rolü hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu, ncRNA'ların transkriptom seviyesindeki potansiyel etkileri hakkında açık sorular bırakır. İnsan nöropatik ağrı (NP) verilerinin sınırlı kullanılabilirliği nedeniyle, siyatik sinir (SN) yaralanmasına atıfta bulunan ve iki nöronal doku kullanarak bir sıçan modelinde incelenen en kapsamlı zaman-ders gen ekspresyon profilini belirledik, yani dorsal kök gangliyonu (DRG) ve SN. Mikroarray problarından başlayarak ve bunları ncRNA'lara not etmek için yeniden tasarlayarak protein kodlayan genlerin ekspresyon profillerini analiz ederken diferansiyel olarak ifade edilen biyoentleri tanımlamak için bir metodoloji geliştirdik. Yaklaşım, mikroarray verilerini yeniden kullanmak ve ilk profillemeyi yapmak ve ardından üç ana adım üzerinden meta-analiz yapmak için tasarlanmıştır. İlk olarak, seçili ncRNA'lar için putatif veya potansiyel protein kodlayıcı hedefleri düşündüğümüzü tanımlamak için bağlamsal analiz kullandık. Bu nedenle alaka, komşu protein kodlayan genlerin diferansiyel ekspresyonuna, mahallenin uzun veya antisens ncRNA loci'den sabit bir genomik mesafe ile tanımlanmasına ve psödogenlerle ilişkili ebeveyn genlerine atanmıştır. İkincisi, putatif hedefler arasında bağlantı, ağ oluşturmak için kullanıldı, bu da etkileşimsel ölçekte çıkarım yapmak için kullanışlıydı. Son olarak, ağ yolları NP ile olan alaka düzeyini değerlendirmek için not edildi. Uzun-intergenik ncRNA'larda (SN'de 32 lincRNA'lar ve DRG'de 8), antisens RNA'sında (SN'de 31 asRNA ve DRG'de 12) ve psödogenlerde (456'da SN ve 56'da DRG) önemli diferansiyel ekspresyon bulduk. Özellikle, pseudogenes merkezli bağlamsal analiz, nörodejenerasyon ve / veya nörojenez süreçleri ile bilinen ilişki ile bazı hedefler ortaya koymuştur. Olfaktör reseptörlerinin modülleri protein-protein etkileşim ağlarında açıkça tanımlanmış olsa da, Parkinson, Down sendromu, Huntington hastalığı ve Alzheimer gibi bozukluklarla ilgili çalışmalarda araştırılmış proteinler arasında başka bağlantı yolları tespit edilmiştir. Bulgularımız, gen ifade verilerini meta-analiz yaklaşımlarıyla yeniden kullanmanın önemini göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Regeneration of injured nerves is likely occurring in the peripheral nervous system, but not in the central nervous system. Although protein-coding gene expression has been assessed during nerve regeneration, little is currently known about the role of non-coding RNAs (ncRNAs). This leaves open questions about the potential effects of ncRNAs at transcriptome level. Due to the limited availability of human neuropathic pain (NP) data, we have identified the most comprehensive time-course gene expression profile referred to sciatic nerve (SN) injury and studied in a rat model using two neuronal tissues, namely dorsal root ganglion (DRG) and SN. We have developed a methodology to identify differentially expressed bioentities starting from microarray probes and repurposing them to annotate ncRNAs, while analyzing the expression profiles of protein-coding genes. The approach is designed to reuse microarray data and perform first profiling and then meta-analysis through three main steps. First, we used contextual analysis to identify what we considered putative or potential protein-coding targets for selected ncRNAs. Relevance was therefore assigned to differential expression of neighbor protein-coding genes, with neighborhood defined by a fixed genomic distance from long or antisense ncRNA loci, and of parental genes associated with pseudogenes. Second, connectivity among putative targets was used to build networks, in turn useful to conduct inference at interactomic scale. Last, network paths were annotated to assess relevance to NP. We found significant differential expression in long-intergenic ncRNAs (32 lincRNAs in SN and 8 in DRG), antisense RNA (31 asRNA in SN and 12 in DRG), and pseudogenes (456 in SN and 56 in DRG). In particular, contextual analysis centered on pseudogenes revealed some targets with known association to neurodegeneration and/or neurogenesis processes. While modules of the olfactory receptors were clearly identified in protein-protein interaction networks, other connectivity paths were identified between proteins already investigated in studies on disorders, such as Parkinson, Down syndrome, Huntington disease, and Alzheimer. Our findings suggest the importance of reusing gene expression data by meta-analysis approaches.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.