Assessment of brain reference genes for RT-qPCR studies in neurodegenerative diseases.

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Gen ekspresyon seviyelerinin ters transkripsiyon nicel gerçek zamanlı PCR (RT-qPCR) ile değerlendirilmesi, hastalıkla ilişkili değişiklikleri keşfetmek için uzun yıllar favori yaklaşım olmuştur. Sonuçların kararlı bir şekilde ifade edilen referans genlerine (RG'ler) normalleşmesi, güvenilir sonuçlar elde etmek için çok önemlidir. Bu, özellikle hastalığa bağlı yapısal değişikliklerin en yaygın olarak kullanılan RG'leri etkileyebileceği nörodejeneratif hastalıklarla ilgili olarak önemlidir. Alzheimer hastalığı (AD), Parkinson hastalığı (PD), Multiple System Atrophy ve Progressive Supranükleer Palsy hastalarından iki beyin bölgesinden alınan 98 beyin örneğinde 15 aday RG analiz ettik. RG kararlılığını değerlendirmek için web tabanlı bir araç olan RefFinder'ı kullanarak, bu hastalardan gelecek RT-qPCR çalışmaları için önerdiğimiz UBE2D2, CYC1 ve RPL13 olarak en kararlı RG'leri belirledik. Araştırılan genlerin hiçbiri RIN, PMI veya yaş gibi deneysel değişkenlerden etkilenmedi. Bulgular, AD ve PD'den etkilendiği bilinen bir hedef gen GSK3B'nin ekspresyon analizleri ile daha da doğrulandı. Farklı ortak RG setleri kullanarak sonuçları karşılaştırırken GSK3B seviyelerinde yüksek varyasyonlar elde ettik ve RG'lerin RT-qPCR çalışmaları için ön doğrulamasının önemini vurguladık.

Özgün kaynak özetini okuyun

Evaluation of gene expression levels by reverse transcription quantitative real-time PCR (RT-qPCR) has for many years been the favourite approach for discovering disease-associated alterations. Normalization of results to stably expressed reference genes (RGs) is pivotal to obtain reliable results. This is especially important in relation to neurodegenerative diseases where disease-related structural changes may affect the most commonly used RGs. We analysed 15 candidate RGs in 98 brain samples from two brain regions from Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD), Multiple System Atrophy, and Progressive Supranuclear Palsy patients. Using RefFinder, a web-based tool for evaluating RG stability, we identified the most stable RGs to be UBE2D2, CYC1, and RPL13 which we recommend for future RT-qPCR studies on human brain tissue from these patients. None of the investigated genes were affected by experimental variables such as RIN, PMI, or age. Findings were further validated by expression analyses of a target gene GSK3B, known to be affected by AD and PD. We obtained high variations in GSK3B levels when contrasting the results using different sets of common RG underlining the importance of a priori validation of RGs for RT-qPCR studies.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.