NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planGuanonin-protein (G-protein), hücrelerin içindeki moleküler anahtarlar olarak bilinir ve dışarıdan hücrenin içine giden sinyallerde çok önemlidir. Özellikle transport proteininde, G-proteinlerinin çoğu membran kaçakçılığında önemli bir rol oynar; proteinlerin ve diğer moleküllerin hücrenin dışındaki ve içindeki çeşitli noktalara aktarılması için gereklidir. Membran kaçakçılığının işlevi G-proteinleri tarafından Guanozin trifosfat (GTP) bağlanma bölgeleri aracılığıyla kontrol edilir. GTP bağlanma bölgeleri, spesifik efektör proteinleri ile etkileşime girerek membran veziküllere başlatılan aktif G-proteinleri. GTP bağlanma bölgelerinden etkileşim olmadan, G-proteinleri membran kaçakçılığında aktif olamaz ve sonuç olarak birçok hastalığa, yani kansere, Parkinson'a neden olamaz... Bu nedenle, membran kaçakçılığında, özellikle de taşıyıcı proteinde GTP bağlanma alanlarının tanımlanması çok önemlidir.Sonuçlar Önerilen modeli çapraz doğrulama ile geliştirdik ve bağımsız bir veri seti ile inceledik. Çapraz doğrulama ile değerlendirme için %95,6 ve bağımsız veri seti ile performansı incelemek için %98,7 doğruluk elde ettik. Yeni keşfedilen taşıma protein dizileri için yaklaşımımız GTPBinder, NsitePred ve TargetSOS gibi benzer yöntemlerden oldukça daha iyi performans gösterdi. Dahası, tüm kullanıcılar için mevcut olan taşıma proteinlerindeki GTP bağlanma sitelerini tanımlamak için dost bir web sunucusu geliştirilmiştir.ConclusionsBiz taşıma proteinlerindeki GTP bağlanma artıklarını tanımlamak için PSSM profilleri ve SAAP'ları kullanarak bir hesaplama tekniğine yaklaştık. PSSM profillerine SAAP'ları dahil ettiğimizde, öngörüsel performans tüm ölçüm ölçümlerinde önemli bir iyileşme sağladı. Ayrıca, önerilen yöntem, nakil proteinlerinde GTP bağlanma alanlarına ait yeni proteinlerin belirlenmesi için bir güç aracı olabilir ve biyologlar için yararlı bilgiler sağlayabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundGuanonine-protein (G-protein) is known as molecular switches inside cells, and is very important in signals transmission from outside to inside cell. Especially in transport protein, most of G-proteins play an important role in membrane trafficking; necessary for transferring proteins and other molecules to a variety of destinations outside and inside of the cell. The function of membrane trafficking is controlled by G-proteins via Guanosine triphosphate (GTP) binding sites. The GTP binding sites active G-proteins initiated to membrane vesicles by interacting with specific effector proteins. Without the interaction from GTP binding sites, G-proteins could not be active in membrane trafficking and consequently cause many diseases, i.e., cancer, Parkinson… Thus it is very important to identify GTP binding sites in membrane trafficking, in particular, and in transport protein, in general.ResultsWe developed the proposed model with a cross-validation and examined with an independent dataset. We achieved an accuracy of 95.6% for evaluating with cross-validation and 98.7% for examining the performance with the independent data set. For newly discovered transport protein sequences, our approach performed remarkably better than similar methods such as GTPBinder, NsitePred and TargetSOS. Moreover, a friendly web server was developed for identifying GTP binding sites in transport proteins available for all users.ConclusionsWe approached a computational technique using PSSM profiles and SAAPs for identifying GTP binding residues in transport proteins. When we included SAAPs into PSSM profiles, the predictive performance achieved a significant improvement in all measurement metrics. Furthermore, the proposed method could be a power tool for determining new proteins that belongs into GTP binding sites in transport proteins and can provide useful information for biologists.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.