NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planParkinson hastalığı (PD), dünyadaki en yaygın ikinci nörodejeneratif bozukluktur. PD'yi, genleri ve düzenleyicilerini içeren sistem biyolojisi perspektifinden incelemek, bu hastalıkla ilişkili karmaşık moleküler etkileşimler hakkında daha derin bilgiler sağlayabilir.ResultBiz, PD'ye özgü bir mikroarray verilerinden elde edilen gen eş ifade ağını inceledik. Eş ifade ağı, sekiz genin daha önce PD ile ilişkili olmadığı bilinen 11 hub genini tanımladı. Bu sekiz yeni hub geninin işlevselliği üzerine daha fazla çalışma, bu genlerin birkaç nörodejeneratif hastalıkta önemli rol oynadığını ortaya koydu. Dahası, yeni hub genlerinin dokuya özgü ekspresyonunu ve histon modifikasyon kalıplarını inceledik. Bu genlerin çoğu, zaten nörodejeneratif hastalıklarla ilişkili olduğu bilinen birkaç histon modifikasyon alanına sahiptir. Regülatör ağ yani mTF-miRNA-gen-gTF mikroRNA Transkripsiyon Faktörü (mTF), mikroRNA (miRNA), gen ve gen Transkripsiyon Faktörü (gTF) içerir. Uzun kodlamayan RNA (IncRNA) aracılı düzenleyici ağ miRNA, gen, mTF ve ncRNA içerir. mTF-miRNA-gen-gTF düzenleyici ağ yeni bir besleme ileri döngüsü tanımladı. ncRNA aracılı düzenleyici ağ, PD'nin yeni lincRNA'larını tanımladı ve miRNA'ların hem TF'ler hem de lincRNA'lar tarafından düzenlenebildiği PD'ye özgü miRNA'ların iki yönlü düzenleyici modelini ortaya koydu. Ko-ifade ağının en önemli genlerinin SNP analizinde 20 SNP saptanmıştır. Bu SNP'ler, bilinen PD genlerinin 3' UTR'sinde bulunur ve PD'ye dahil olan miRNA'lar tarafından kontrol edilir.ConclusionÇalışmamız, PD için gelecekteki biyobelirteç tanımlama çalışmaları için olası adaylar olarak kabul edilebilecek sekiz yeni hub genini tanımladı. Çalışmamızda incelenen iki düzenleyici ağ, miRNA ve ncRNA adlı kodlamayan RNA'ların PD'nin epigenetik düzenleyicileri olarak hareket edebileceği hücresel düzenleyici mekanizmalara ayrıntılı bir genel bakış sağlar. Çalışmamızda tanımlanan SNP'ler, PD'yi daha erken bir aşamada tanımlamak için yardımcı olabilir. Genel olarak, bu çalışma, PD ile ilişkili karmaşık moleküler etkileşimleri sistem biyolojisi perspektifinden daha iyi anlamayı sağlayabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundParkinson's disease (PD) is the second most prevalent neurodegenerative disorders in the world. Studying PD from systems biology perspective involving genes and their regulators might provide deeper insights into the complex molecular interactions associated with this disease.ResultWe have studied gene co-expression network obtained from a PD-specific microarray data. The co-expression network identified 11 hub genes, of which eight genes are not previously known to be associated with PD. Further study on the functionality of these eight novel hub genes revealed that these genes play important roles in several neurodegenerative diseases. Furthermore, we have studied the tissue-specific expression and histone modification patterns of the novel hub genes. Most of these genes possess several histone modification sites those are already known to be associated with neurodegenerative diseases. Regulatory network namely mTF-miRNA-gene-gTF involves microRNA Transcription Factor (mTF), microRNA (miRNA), gene and gene Transcription Factor (gTF). Whereas long noncoding RNA (lncRNA) mediated regulatory network involves miRNA, gene, mTF and lncRNA. mTF-miRNA-gene-gTF regulatory network identified a novel feed-forward loop. lncRNA-mediated regulatory network identified novel lncRNAs of PD and revealed the two-way regulatory pattern of PD-specific miRNAs where miRNAs can be regulated by both the TFs and lncRNAs. SNP analysis of the most significant genes of the co-expression network identified 20 SNPs. These SNPs are present in the 3' UTR of known PD genes and are controlled by those miRNAs which are also involved in PD.ConclusionOur study identified eight novel hub genes which can be considered as possible candidates for future biomarker identification studies for PD. The two regulatory networks studied in our work provide a detailed overview of the cellular regulatory mechanisms where the non-coding RNAs namely miRNA and lncRNA, can act as epigenetic regulators of PD. SNPs identified in our study can be helpful for identifying PD at an earlier stage. Overall, this study may impart a better comprehension of the complex molecular interactions associated with PD from systems biology perspective.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.