NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Ontario Nörodejeneratif Hastalık Araştırma Girişimi (ONDRI), beş hastalığı karakterize etmek için multimodal, çok yıllık, prospektif gözlemsel kohort çalışmasıdır: (1) Alzheimer hastalığı (AD) veya amnestik tek veya çok alanlı hafif bilişsel bozukluk (AMCI) (AD / MCI); (2) amyotrofik lateral skleroz (ALS); (3) frontotemporal demans (FTD); (4) Parkinson hastalığı (PD); ve (5) vasküler bilişsel bozukluk (VK). ONDRI Genomik alt grubu nörodejenerasyonun genetik temelini araştırıyor. Nörodejenerasyonla ilişkili olduğu bilinen 80 geni hedef alan ONDRISeq adlı özel bir yeni nesil dizi tabanlı panel geliştirdik. ONDRISeq'te, beş hastalıktan biri tanısı konan 216 kişiden toplanan DNA'yı işledik. Tüm koşular bir MiSeq enstrümanı üzerinde yürütüldü ve titiz kalite kontrol değerlendirmelerine tabi tutuldu. Ayrıca, NeuroX (nörodejeneratif bozukluklar için genom çapında bir dizi), TaqMan alelik ayrımcılık tahlili veya Sanger dizilimini kullanarak varyant çağrılarının bir alt kümesini bağımsız olarak doğruladık. ONDRISeq sürekli olarak yüksek kaliteli genotipleme çağrıları üretir ve ortalama olarak hedeflenen üslerin %92'si en az 30 okuma ile karşılanır. Ayrıca ONDRISeq aracılığıyla tanımlanan ve diğer genomik teknolojiler tarafından onaylanmış varyantlar için% 100 uyum gözlemledik. Vakaların %72,2'sinde yeni nadir varyantların yanı sıra bilinenleri tespit etmede başarılı olduk, ancak tüm varyantlar hastalığa neden olmuyor. ONDRISeq kullanarak, APOE E4 alelinin bu örneklerde 0.167 frekansına sahip olduğunu da bulduk. Optimize edilmiş iş akışımız, aynı anda birden fazla aday geni tarayarak nörodejeneratif hastalıkların genetik temelini aydınlatmada sağlam bir araç olarak yeni nesil dizilemeyi vurgulamaktadır.
Özgün kaynak özetini okuyun
The Ontario Neurodegenerative Disease Research Initiative (ONDRI) is a multimodal, multi-year, prospective observational cohort study to characterise five diseases: (1) Alzheimer's disease (AD) or amnestic single or multidomain mild cognitive impairment (aMCI) (AD/MCI); (2) amyotrophic lateral sclerosis (ALS); (3) frontotemporal dementia (FTD); (4) Parkinson's disease (PD); and (5) vascular cognitive impairment (VCI). The ONDRI Genomics subgroup is investigating the genetic basis of neurodegeneration. We have developed a custom next-generation-sequencing-based panel, ONDRISeq that targets 80 genes known to be associated with neurodegeneration. We processed DNA collected from 216 individuals diagnosed with one of the five diseases, on ONDRISeq. All runs were executed on a MiSeq instrument and subjected to rigorous quality control assessments. We also independently validated a subset of the variant calls using NeuroX (a genome-wide array for neurodegenerative disorders), TaqMan allelic discrimination assay, or Sanger sequencing. ONDRISeq consistently generated high-quality genotyping calls and on average, 92% of targeted bases are covered by at least 30 reads. We also observed 100% concordance for the variants identified via ONDRISeq and validated by other genomic technologies. We were successful in detecting known as well as novel rare variants in 72.2% of cases although not all variants are disease-causing. Using ONDRISeq, we also found that the APOE E4 allele had a frequency of 0.167 in these samples. Our optimised workflow highlights next-generation sequencing as a robust tool in elucidating the genetic basis of neurodegenerative diseases by screening multiple candidate genes simultaneously.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.