SCIENTIFIC HUB

Araştırmanın izini sürün.

SCIENTIFIC LITERATURE · MED

ComPath: Pathway veritabanları arasında haritaları keşfetmek, analiz etmek ve düzenlemek için bir ekosistem.

ComPath: an ecosystem for exploring, analyzing, and curating mappings across pathway databases.

Makine çevirisi · Editoryal inceleme bekliyor

NPJ Syst Biol Appl · 2018-12-13

DOI: 10.1038/s41540-018-0078-8PMID: 30564458

Open accessResearch Support, Non-U.S. Gov't; research-article; Journal ArticleKaynağa git ↗

Araştırma özeti

Aşağıdaki metin kaynak makalenin lisansı doğrulanmış orijinal özetidir. cc by

Although pathways are widely used for the analysis and representation of biological systems, their lack of clear boundaries, their dispersion across numerous databases, and the lack of interoperability impedes the evaluation of the coverage, agreements, and discrepancies between them. Here, we present ComPath, an ecosystem that supports curation of pathway mappings between databases and fosters the exploration of pathway knowledge through several novel visualizations. We have curated mappings between three of the major pathway databases and present a case study focusing on Parkinson's disease that illustrates how ComPath can generate new biological insights by identifying pathway modules, clusters, and cross-talks with these mappings. The ComPath source code and resources are available at https://github.com/ComPath and the web application can be accessed at https://compath.scai.fraunhofer.de/.

Bilimsel değerlendirme

01

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

02

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

03

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

04

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.