NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
GBA'daki arka planMutasyonları, biallelik olduğunda Gaucher hastalığına neden olur ve heterozigot olduğunda Parkinson hastalığı için güçlü risk faktörleridir. GBA analizi, yakındaki psödogen tarafından karmaşıktır. Uzun okumalar kullanarak GBA sıralamasını yapmak için bir yöntem tasarlamayı ve doğrulamayı amaçladık.MethodsWe, Oxford Nanopore MinION'daki GBA'yı Parkinson ve Gaucher hastalıkları olan hastalar da dahil olmak üzere 102 kişiden 8.9 kb amplikon olarak sıraladı. Kalite metrikleri için NanoOK, verileri hizalamak için NGMLR (GraphMap ile karşılaştırdıktan sonra), varyantları çağırmak için Nanopolish ve Sniffles ve fazlama için WhatsHap kullandık.SonuçlarBu örneklerde bilinen tüm anlamlı mutasyonları tespit ettik, ortak p.N409S (N370S) ve p.L483P (L444P) çoklu örneklerde ve bir nadir bulunanlar da dahil olmak üzere. Mutasyonları fazlama, bileşik heterozigoziteyi doğrulama ve haplotipleri atama yeteneğini gösterdik. Ayrıca bazı Parkinson hastalarında bilinen iki risk varyantı tespit ettik. Nadir yanlış pozitifler kolayca tanımlandı ve filtrelendi, Nanopolish kalite puanı çok sağlam bir ayrımcı okuma sayısına göre ayarlandı. Rekombinant bir alel taşıyan iki bireyde, bir taşıyıcıda, 55 baz çifti silmeyi içerdiği, ancak PCR zenginleştirme yönteminin bir sınırlamasını öneren bir başkasında değil, tam olarak tespit edebildik ve tanımladık. RecNciI bir kaçırıldığı durum dışında, doğru zigositede anlamlı mutasyonlar tespit edildi.ConclusionThe Oxford Nanopore Minion, fazlama ve intronic analizinin ek avantajları ile bu zor gende anlamlı mutasyonlar ve eksonik bir silme tespit edebilir. Verimli bir araştırma aracı olarak kullanılabilir, ancak tüm rekombinantları dışlamak için ek çalışmalar gereklidir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundMutations in GBA cause Gaucher disease when biallelic and are strong risk factors for Parkinson's disease when heterozygous. GBA analysis is complicated by the nearby pseudogene. We aimed to design and validate a method for sequencing GBA using long reads.MethodsWe sequenced GBA on the Oxford Nanopore MinION as an 8.9 kb amplicon from 102 individuals, including patients with Parkinson's and Gaucher diseases. We used NanoOK for quality metrics, NGMLR to align data (after comparing with GraphMap), Nanopolish and Sniffles to call variants, and WhatsHap for phasing.ResultsWe detected all known missense mutations in these samples, including the common p.N409S (N370S) and p.L483P (L444P) in multiple samples, and nine rarer ones, as well as a splicing and a truncating mutation, and intronic SNPs. We demonstrated the ability to phase mutations, confirm compound heterozygosity, and assign haplotypes. We also detected two known risk variants in some Parkinson's patients. Rare false positives were easily identified and filtered, with the Nanopolish quality score adjusted for the number of reads a very robust discriminator. In two individuals carrying a recombinant allele, we were able to detect and fully define it in one carrier, where it included a 55-base pair deletion, but not in another one, suggesting a limitation of the PCR enrichment method. Missense mutations were detected at the correct zygosity, except for the case where the RecNciI one was missed.ConclusionThe Oxford Nanopore MinION can detect missense mutations and an exonic deletion in this difficult gene, with the added advantages of phasing and intronic analysis. It can be used as an efficient research tool, but additional work is required to exclude all recombinants.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.