Long non-coding RNA repertoire and open chromatin regions constitute midbrain dopaminergic neuron - specific molecular signatures.

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Orta beyin dopaminerjik (DA) nöronlar, hareketlerin, duyguların veya ödüllerin kontrolü de dahil olmak üzere çeşitli nörolojik işlevlerde yer alırlar. Buna karşılık, disfonksiyonları insanlarda Parkinson Hastalığı'nda motor ve bilişsel semptomların ortaya çıkması gibi ciddi klinik belirtilere neden olur. Bu nöronların fizyolojisi ve patofizyolojisi, çoğunlukla protein kodlayan genleri içeren moleküler mekanizmalarla ilgili olarak geniş çapta incelenmiştir. Buna karşılık, genomun kodlamayan unsurlarının DA nöron fonksiyonuna katkısı zayıf bir şekilde araştırılmaktadır. Bu çalışmada, farelerdeki E14.5 ventral mesensefalonlardan DA nöronlarını izole ettik ve bu nöronal popülasyona özgü uzun kodlamayan RNA'ların (incRNA'lar) repertuarlarını ve putatif DNA düzenleyici bölgelerini kurmak ve tanımlamak için RNA-seq ve ATAC-seq'i kullandık. DA nöronlarının repertuarını oluşturan 1.294 ncRNA'yı tanımladık, bunların 939'u romandı. Bunların çoğu arka beyin serotonerjik (5-HT) nöronlarda bulunmadı, bu da yüksek derecede hücre özgüllüğü olduğunu gösteriyor. Bu özellik açık kromatin bölgeleri ile ilgili olarak da gözlenmiştir, çünkü DA repertuarından ATAC-seq zirvelerinin %39'u 5-HT nöronlarda tespit edilmemiştir. Çalışmamız, genomun kodlanmayan unsurlarının DA'ya özgü kataloglarını ilk kez sağlar ve bu da şüphesiz ki, nöronal gelişim ve işlev bozuklukları hakkındaki bilgimizin derinleşmesine katılacaktır.

Özgün kaynak özetini okuyun

Midbrain dopaminergic (DA) neurons are involved in diverse neurological functions, including control of movements, emotions or reward. In turn, their dysfunctions cause severe clinical manifestations in humans, such as the appearance of motor and cognitive symptoms in Parkinson's Disease. The physiology and pathophysiology of these neurons are widely studied, mostly with respect to molecular mechanisms implicating protein-coding genes. In contrast, the contribution of non-coding elements of the genome to DA neuron function is poorly investigated. In this study, we isolated DA neurons from E14.5 ventral mesencephalons in mice, and used RNA-seq and ATAC-seq to establish and describe repertoires of long non-coding RNAs (lncRNAs) and putative DNA regulatory regions specific to this neuronal population. We identified 1,294 lncRNAs constituting the repertoire of DA neurons, among which 939 were novel. Most of them were not found in hindbrain serotonergic (5-HT) neurons, indicating a high degree of cell-specificity. This feature was also observed regarding open chromatin regions, as 39% of the ATAC-seq peaks from the DA repertoire were not detected in the 5-HT neurons. Our work provides for the first time DA-specific catalogues of non-coding elements of the genome that will undoubtedly participate in deepening our knowledge regarding DA neuronal development and dysfunctions.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.