NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Nörodejeneratif hastalıkları (NDD) olan her iki insandan gelen sinir dokuları ve insan NDD'sinin genetik modelleri olan hayvanlar, örneğin Amyotrofik Lateral Sklerozun (ALS), Alzheimer hastalığının (AD) ve Parkinson hastalığının (PD) nadir monojenik nedenleri, aktif mikrogliayı gösterir ve NDD'nin patogenezinde inflamasyon için potansiyel bir nedensel rol önerir. ALS ve CTL deneklerinden servikal omuriliklerin donmuş bölümlerinden çıkarılan toplam RNA dizilimi (PE) RNA sekonu, AD ve CTL deneklerin ön kortikal gri madde şeritleri ve PD ve CTL deneklerin ventral orta beyinleri yaptık. Kırpılmış PE okumaları, Tophat2/Bowtie2 (ALS) veya HISAT2 (AD ve PD) kullanılarak hg38 insan transkriptometresine karşı hizalandı ve Kol Düğmeleri ile kantitatifleştirildi. PE okumaları ayrıca Bowtie2 kullanılarak Toxoplasma gondii ve Trichinella sp'in temsili türlerinden genomlara karşı hizalandı. T6 (parazitik bulaşıcı ajanlar), Babesia microti ve Borrelia burgdorferi (tik-vektör taşıyıcı ajanlar) ve Treponema denticola ve Porphyromonas gingivalis, kronik gingivite neden olan ajanlar. Her doku örneğindeki her bir ajanın birincil hizalanmış okumaları SAMtools ile kantitize edildi. Küçük yüzdeler (B. microti, B. burgdorferi, T. denticola ve P. gingivalis genomları ve T. gondii (% 0.1-0.2) ve Trichinella sp ile hizalanmış daha büyük yüzdeler) bulduk. T6 (%1.0-1.1) genomları. AD örneklerinde, ancak başkalarında, birincil hizalanmış transkriptom yüzdeleri, küçük olmasına rağmen, B. burgdorferi (p = 0.067) ve P. gingivalis (p = 0.068) için CTL örneklerine kıyasla AD'de daha büyük olma önemine yaklaştı. Genes'in AD ve ALS'nin postmortem dokularındaki ifadeleri, ancak PD'nin değil, hastalıkla ilişkili mikroglial (DAM) genler arasında önemli değişiklikler olduğunu ortaya koydu. Enfeksiyöz ajanların transkriptleri hem NDD hem de CTL dokularının RNA seq okumalarında tespit edilebilir ve ajandan ajana değişebilir. Evre 1 ve Evre 2 DAM genlerinin ekspresyonları önemli ölçüde değişti, bu da NDD doku örneklerimizde Evre 1 ve 2 DAM'ın varlığını düşündürdü.
Özgün kaynak özetini okuyun
Nervous tissues from both humans with neurodegenerative diseases (NDD) and animals with genetic models of human NDD, such as rare monogenic causes of Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS), Alzheimer's disease (AD), and Parkinson's disease (PD), show activated microglia, suggesting a potential causal role for inflammation in pathogenesis of NDD. We performed paired-end (PE) RNA sequencing (RNA seq) of total RNA's extracted from frozen sections of cervical spinal cords from ALS and CTL subjects, frontal cortical gray matter ribbons of AD and CTL subjects, and ventral midbrains of PD and CTL subjects. Trimmed PE reads were aligned against the hg38 human transcriptome using Tophat2/Bowtie2 (ALS) or HISAT2 (AD and PD) and quantitated with Cufflinks. PE reads were also aligned using Bowtie2 against genomes from representative species of Toxoplasma gondii and Trichinella sp. T6 (parasitic infectious agents), Babesia microti and Borrelia burgdorferi (tick-vector borne agents), and Treponema denticola and Porphyromonas gingivalis, agents causing chronic gingivitis. Primary aligned reads of each agent in each tissue sample were quantitated with SAMtools. We found small percentages (B. microti, B. burgdorferi, T. denticola, and P. gingivalis genomes and larger percentages aligned with T. gondii (0.1-0.2%) and Trichinella sp. T6 (1.0-1.1%) genomes. In AD specimens, but in no others, primary aligned transcriptome percentages, although small, approached significance for being greater in AD compared to CTL samples for B. burgdorferi (p = 0.067) and P. gingivalis (p = 0.068). Genes' expressions in postmortem tissues of AD and ALS but not PD revealed significant changes among disease-associated microglial (DAM) genes. Infectious agents' transcripts can be detected in RNA seq reads of both NDD and CTL tissues and vary from agent to agent. Expressions of Stage 1 and Stage 2 DAM genes significantly changed, suggesting the presence of Stages 1 and 2 DAM in our NDD tissue samples.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.