NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
İnsan beyni biyomedikal araştırmanın son sınırlarından biridir. Genom çapında dernek çalışmaları (GWAS), şizofreni, Alzheimer ve Parkinson hastalığı gibi bozukluklar da dahil olmak üzere bir dizi nöropsikiyatrik özellikle ilişkili binlerce haplotip bloğu tanımlamayı başardı. Bununla birlikte, bu haplotip blokları işaretleyen tek nükleotitli polimorfizmlerin (SNP'ler) çoğunluğu, genomun kodlamayan bölgelerinin içine girerek fonksiyonel doğrulamalarını engeller. Bu GWAS lokuslarının bazıları, arttırıcılar gibi cis-etkileyici düzenleyici DNA elementleri içerebilse de, birçoğunun halka açık transkriptom açıklamalarında eksik olan kodlamayan RNA'lara da transkripte edildiğini varsaymıştık. Burada, nöropsikiyatrik özelliklerle ilişkili kodlamayan GWAS SNP'leri içeren genomdaki 1.023 haplotip bloğu transkripsiyonel profile nanopor uzun okunmuş cDNA dizilemesi ile kombinasyon halinde hedeflenmiş RNA yakalama ('RNA CaptureSeq') kullanıyoruz, üç nörolojik açıdan sağlıklı donörden ölüm sonrası insan beyin dokusunu kullanıyoruz. Genler arası blokların %13'ü de dahil olmak üzere hedeflenen haplotip blokların çoğunluğunun (%62), çoğu henüz GENCODE eknotlarında kaydedilmemiş olan yeni, çok eksonik RNA'lara transkribe edildiğini görüyoruz. Bulgularımızı kısa okunan RNA-seq ile doğruladık, yeni ek bağlantı noktalarının ortogonal doğrulanmasını sağladık ve uzun okunan meclislerin nicel bir değerlendirmesini sağladık. Birçok yeni transkript, gen ekspresyonu (CAGE) verilerinin ve epigenetik işaretlerin kapak analizi de dahil olmak üzere transkripsiyonun bağımsız kanıtlarıyla desteklenir ve bazıları potansiyel fonksiyonel rollerin belirtilerini gösterir. Bu transkriptomları, insan beyninde nörolojik fenotipleri gen ifadesiyle bağlamak için kullanılabilecek kodlamayan transkripsiyonun bir ön atlası olarak sunuyoruz.
Özgün kaynak özetini okuyun
The human brain is one of the last frontiers of biomedical research. Genome-wide association studies (GWAS) have succeeded in identifying thousands of haplotype blocks associated with a range of neuropsychiatric traits, including disorders such as schizophrenia, Alzheimer's and Parkinson's disease. However, the majority of single nucleotide polymorphisms (SNPs) that mark these haplotype blocks fall within non-coding regions of the genome, hindering their functional validation. While some of these GWAS loci may contain cis-acting regulatory DNA elements such as enhancers, we hypothesized that many are also transcribed into non-coding RNAs that are missing from publicly available transcriptome annotations. Here, we use targeted RNA capture ('RNA CaptureSeq') in combination with nanopore long-read cDNA sequencing to transcriptionally profile 1,023 haplotype blocks across the genome containing non-coding GWAS SNPs associated with neuropsychiatric traits, using post-mortem human brain tissue from three neurologically healthy donors. We find that the majority (62%) of targeted haplotype blocks, including 13% of intergenic blocks, are transcribed into novel, multi-exonic RNAs, most of which are not yet recorded in GENCODE annotations. We validated our findings with short-read RNA-seq, providing orthogonal confirmation of novel splice junctions and enabling a quantitative assessment of the long-read assemblies. Many novel transcripts are supported by independent evidence of transcription including cap analysis of gene expression (CAGE) data and epigenetic marks, and some show signs of potential functional roles. We present these transcriptomes as a preliminary atlas of non-coding transcription in human brain that can be used to connect neurological phenotypes with gene expression.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.