NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Üst ve alt gastrointestinal sistemin işlevi ve mikrobiyomdaki değişiklikler Parkinson hastalığında (PD) belgelenmiştir, ancak çoğu çalışma sadece dışkı mikrobiyom profillerini ve ileri hastalık durumlarını olan hastaları incelemiştir. Bu çalışmada, erken evre PD'nin oral mikrobiyomdaki değişikliklerin hassas ve spesifik biyobelirteçlerini av tüfeği metatranscriptomik profilleme yoluyla tanımlamaya çalıştık. 48 PD denek ve 36 yaş ve cinsiyet uyumlu sağlıklı kontroller topladık. Denekler, hastalık evrelerini belirlemek için motor, bilişsel, denge, otonomik ve kemosensöryal (koku ve tat) fonksiyonların ayrıntılı değerlendirmelerini tamamladılar. Ayrıca, mikrobiyal RNA ve konak mRNA'nın profillenmesi için bir tükürük örneği elde ettik. Konu grupları arasında genel alfa ve beta çeşitliliğinde hiçbir farklılık bulamadık. Bununla birlikte, öncelikle bakteriler de dahil olmak üzere spesifik mikrobiyal taksondaki değişiklikler, aynı zamanda maya ve faj da gözlenmiştir. Bulgularımızın neredeyse yarısı, dışkı örneklerinin profillenmesi yoluyla elde edilen alandaki önceki çalışmalarla tutarlıydı, diğerleri erken evre PD'nin tespiti için son derece yeni adayları temsil ediyordu. Mikrobiyom verilerinin tanısal yardımcı programının test edilmesi, 0,90 ROC eğrisi altında çapraz doğrulanmış bir alana ulaşan 11 taksonomik özellik ve %84,5 genel doğruluk gibi potansiyel olarak sağlam bir performans ortaya koydu. 167 farklı metabolik yolun biyoinformatik analizi, oral mikrobiyomu oluşturan organizmalar arasında amino asit ve enerji metabolizmasında yer alan küçük bir dizi farklı yoldaki kaymaları destekledi. Mikrobiyal analize paralel olarak, aynı konularda insan tükürük mRNA'larındaki değişikliklerin kanıtlarını da inceledik. Bu, bir dizi 9 konak mRNA'da önemli değişiklikler ortaya çıkardı, bunlardan birkaçı çeşitli beyin fonksiyonlarıyla eşleşti ve önemli ölçüde değişen mikrobiyal taksonların bazılarıyla korelasyon gösterdi. Beklenmedik bir şekilde, mikrobiyotanın birçoğu ile biliş, denge ve hastalık süresini yansıtanlar da dahil olmak üzere fonksiyonel önlemler arasında sağlam korelasyonlar gözlemledik. Bu sonuçlar, oral mikrobiyomun, erken evre PD'nin patofizyolojisinde yeni bilgiler sunan oldukça erişilebilir ve bilgilendirici bir mikro ortamı temsil edebileceğini göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Changes in the function and microbiome of the upper and lower gastrointestinal tract have been documented in Parkinson's disease (PD), although most studies have examined merely fecal microbiome profiles and patients with advanced disease states. In the present study we sought to identify sensitive and specific biomarkers of changes in the oral microbiome of early stage PD through shotgun metatranscriptomic profiling. We recruited 48 PD subjects and 36 age- and gender-matched healthy controls. Subjects completed detailed assessments of motor, cognitive, balance, autonomic and chemosensory (smell and taste) functions to determine their disease stage. We also obtained a saliva sample for profiling of microbial RNA and host mRNA using next generation sequencing. We found no differences in overall alpha and beta diversity between subject groups. However, changes in specific microbial taxa were observed, including primarily bacteria, but also yeast and phage. Nearly half of our findings were consistent with prior studies in the field obtained through profiling of fecal samples, with others representing highly novel candidates for detection of early stage PD. Testing of the diagnostic utility of the microbiome data revealed potentially robust performance with as few as 11 taxonomic features achieving a cross-validated area under the ROC curve of 0.90 and overall accuracy of 84.5%. Bioinformatic analysis of 167 different metabolic pathways supported shifts in a small set of distinct pathways involved in amino acid and energy metabolism among the organisms comprising the oral microbiome. In parallel with the microbial analysis, we also examined the evidence for changes in human salivary mRNAs in the same subjects. This revealed significant changes in a set of 9 host mRNAs, several of which mapped to various brain functions and showed correlations with some of the significantly changed microbial taxa. Unexpectedly, we also observed robust correlations between many of the microbiota and functional measures, including those reflecting cognition, balance, and disease duration. These results suggest that the oral microbiome may represent a highly-accessible and informative microenvironment that offers new insights in the pathophysiology of early stage PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.