NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Giriş: Genom çapında dernek çalışmaları (GWAS), Parkinson hastalığı (PD) riski ile ilişkili çoklu lokus tespit etmiştir. Bu lokus içinde nadir varyantların varlığı, duyarlılığın artmasını hesaba katabilir, daha fazla araştırma gerektirir. Yöntemler: Exome dizilimini kullanarak, 56 roman PD loci içinde bulunan genlerin kapsamlı bir nadir varyant ekranını gerçekleştirdik. İlk olarak keşif kohortundaki 109 denekten (85'i PD ve 24 sağlıklı kontrol tanısı ile teşhis edildi) exomes'i analiz ettik ve küçük alel frekansı 15 olan nadir kodlama varyantları için filtreledik. Keşif kohortunda bulunan spesifik nadir varyantların birleşmesi testlerinde, PD (Uluslararası Parkinson Hastalığı Genomik Konsorsiyumu) ve 24.146 non-Finlandiya Avrupa kontrolleri olan 2,859 Avrupalı hastadan elde edilen exome verilerinin daha fazla araştırılması kullanılmıştır. Bulgular: Genetik taramamızda 109 denekte 71 gende 54 potansiyel hastalık-ilişkili varyant tespit edildi. İki veya daha fazla hastada 54 varyanttan altısı bulundu ve sağlıklı kontrollerde gözlenmedi: DNAH1 p.A3639T, STAB1 p.S1089G, ANK2 p.V3634D, ANK2 p.R3906W, SH3GL2 p.G276V ve NOD2 p.G908R. Uluslararası Parkinson Hastalığı Genomik Konsorsiyumu'nda (IPDGC) replikasyon, tanımlanan altı varyanttan üçü için PD riski ile ilişkiyi doğruladı (STAB1 p.S1089G, SH3GL2 p.G276V ve NOD2 p.G908R) (p -3). Sonuç: Çalışmamız, PD risk lokisinde tanımlanan bazı derneklerin, PD riskini değiştiren olası fonksiyonel etkileri olan nadir varyantlara atfedilebileceğini göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Introduction: Genome-wide association studies (GWAS) have identified multiple loci associated with Parkinson's disease (PD) risk. The presence of rare variants within these loci that may account for the increased susceptibility requires further investigation. Methods: Using exome sequencing, we performed a comprehensive rare variant screen of genes located within 56 novel PD loci. We first analyzed exomes from 109 subjects in the discovery cohort (85 diagnosed with PD and 24 healthy controls) and filtered for rare coding variants with minor allele frequency 15. Further investigation of exome data from a replication cohort of 2,859 European patients with PD (International Parkinson's Disease Genomics Consortium) and 24,146 non-Finnish European controls from gnomAD were used for association testing of specific rare variants found in the discovery cohort. Results: Our genetic screening identified 54 potential disease-relevant variants in 71 genes in 109 subjects. Six out of 54 variants were found in two or more patients and were not observed in healthy controls: DNAH1 p.A3639T, STAB1 p.S1089G, ANK2 p.V3634D, ANK2 p.R3906W, SH3GL2 p.G276V, and NOD2 p.G908R. Replication in the International Parkinson's Disease Genomics Consortium (IPDGC) confirmed the association with PD risk for three out of the six identified variants (STAB1 p.S1089G, SH3GL2 p.G276V, and NOD2 p.G908R) (p -3). Conclusion: Our study suggests that some of the associations identified in PD risk loci can be ascribed to rare variants with likely functional effects that modify PD risk.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.