Exploration of human cerebrospinal fluid: A large proteome dataset revealed by trapped ion mobility time-of-flight mass spectrometry.

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

Beyin omurilik sıvısı (CSF), beyinle doğrudan temas halinde bir biyoakışkandır ve bu nedenle Alzheimer veya Parkinson gibi nörodejeneratif hastalıklar da dahil olmak üzere nörolojik bozukluk araştırmalarında bir seçim örneği oluşturur. İnsan CSF'si hala proteomik teknolojiler kullanılarak kan plazması veya serum gibi diğer biyolojik sıvılara kıyasla daha az çalışılmıştır. Bu çalışmada, "normal" insan CSF örneklerinden oluşan bir havuz, biyoakışkanlığın karmaşıklığını hafifletmek için triptik peptitlerin fraksiyonunu immunofinity tükenmesi ve izoelektrik odaklama ile son derece bol proteinlerin çıkarılmasını birleştiren bir av tüfeği proteomik iş akışı kullanılarak analiz edildi. Elde edilen 24 fraksiyon, yüksek çözünürlüklü ve yüksek doğruluklu timstof Pro kütle spektrometresine bağlı sıvı kromatografi kullanılarak analiz edildi. Bu son teknoloji ürünü kütle spektrometrisi tabanlı proteomik iş akışı, CSF'de 3'174 proteinin tanımlanmasına izin verdi. Burada bildirilen veri kümesi, şimdiye kadar elde edilen en kapsamlı insan CSF proteomlarının havuzunu tamamlıyor. Tanımlanan proteinlere genel bir bakış, gen ontoloji anotasyonuna dayalı olarak sağlanır. Kütle ve tandem kütle spektrumları, insan CSF proteomunu keşfetmek için daha ileri çalışmalar için olası bir başlangıç noktası olarak kullanılabilir hale getirilmiştir.

Özgün kaynak özetini okuyun

Cerebrospinal fluid (CSF) is a biofluid in direct contact with the brain and as such constitutes a sample of choice in neurological disorder research, including neurodegenerative diseases such as Alzheimer or Parkinson. Human CSF has still been less studied using proteomic technologies compared to other biological fluids such as blood plasma or serum. In this work, a pool of "normal" human CSF samples was analysed using a shotgun proteomic workflow that combined removal of highly abundant proteins by immunoaffinity depletion and isoelectric focussing fractionation of tryptic peptides to alleviate the complexity of the biofluid. The resulting 24 fractions were analysed using liquid chromatography coupled to a high-resolution and high-accuracy timsTOF Pro mass spectrometer. This state-of-the-art mass spectrometry-based proteomic workflow allowed the identification of 3'174 proteins in CSF. The dataset reported herein completes the pool of the most comprehensive human CSF proteomes obtained so far. An overview of the identified proteins is provided based on gene ontology annotation. Mass and tandem mass spectra are made available as a possible starting point for further studies exploring the human CSF proteome.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.