NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Metagenomik, insan mikrobiyomu da dahil olmak üzere mikrobiyal toplulukların işlevsel potansiyelini anlamak için standart bir strateji haline geldi. Şu anda, kamu depolarındaki metagenomların sayısı katlanarak artmaktadır. Dizi Okuma Arşivi (SRA) ve MG-RAST, metagenomik veriler için iki ana depodur. Bu veritabanları, bilim insanlarının örnekleri yeniden analiz etmelerine ve yeni hipotezleri keşfetmelerine olanak tanır. Bununla birlikte, onlardan elde edilen madencilik örnekleri sınırlayıcı bir faktör olabilir, çünkü bu depolarda bulunan meta veriler genellikle yanlış bildirilmiş, yanıltıcı ve merkezi olmayandır ve örnek röanaliz için aşırı karmaşık bir ortam oluşturur. HumanMetagenomeDB'nin temel amacı, kamu insan metagenomlarının tanımlanmasını ve kullanımını basitleştirmektir. HumanMetagenomeDB sürüm 1.0, 69 822 metagenom meta veri içerir. Standartlaştırılmış ontolojilere dayanarak 203 niteliği standartlaştırdık, konak özelliklerini (örneğin cinsiyet, yaş ve vücut kitle indeksi), tanı bilgilerini (örneğin kanser, Crohn hastalığı ve Parkinson), yeri (örneğin ülke, boylam ve enlem), örnekleme alanını (örneğin bağırsak, akciğer ve deri) ve sıralama özelliklerini (örneğin sıralama platformu, ortalama uzunluk ve dizi kalitesi) tanımladık. Ayrıca, HumanMetagenomeDB 1.0 metagenomları 58 ülkeyi, 9 ana örnek alanı (yani vücut parçaları), 58 teşhis ve 91 yaşına kadar değişen çoklu yaşları kapsar. HumanMetagenomeDB, https://webapp.ufz.de/hmgdb/ adresinde halka açıktır.
Özgün kaynak özetini okuyun
Metagenomics became a standard strategy to comprehend the functional potential of microbial communities, including the human microbiome. Currently, the number of metagenomes in public repositories is increasing exponentially. The Sequence Read Archive (SRA) and the MG-RAST are the two main repositories for metagenomic data. These databases allow scientists to reanalyze samples and explore new hypotheses. However, mining samples from them can be a limiting factor, since the metadata available in these repositories is often misannotated, misleading, and decentralized, creating an overly complex environment for sample reanalysis. The main goal of the HumanMetagenomeDB is to simplify the identification and use of public human metagenomes of interest. HumanMetagenomeDB version 1.0 contains metadata of 69 822 metagenomes. We standardized 203 attributes, based on standardized ontologies, describing host characteristics (e.g. sex, age and body mass index), diagnosis information (e.g. cancer, Crohn's disease and Parkinson), location (e.g. country, longitude and latitude), sampling site (e.g. gut, lung and skin) and sequencing attributes (e.g. sequencing platform, average length and sequence quality). Further, HumanMetagenomeDB version 1.0 metagenomes encompass 58 countries, 9 main sample sites (i.e. body parts), 58 diagnoses and multiple ages, ranging from just born to 91 years old. The HumanMetagenomeDB is publicly available at https://webapp.ufz.de/hmgdb/.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.