NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
MikroRNA'lar gen ekspresyonunun düzenleyicileridir. Geniş çapta, henüz doğrulanmamış bir varsayım, miRNA'ların hedef kitlesinin transkriptom boyunca rastgele dağıtılmadığı ve hedeflerin işlevsel yolları paylaştığıdır. Hedef yolların doğrulanmasını kolaylaştırmak için yüksek verimli miRNA etkileşim muhabiri tahlili (HiTmIR) adı verilen hesaplamalı ve deneysel bir strateji geliştirdik. İlk olarak, hedefler ve hedef yollar, özgüllüğü ve pozitif öngörü değerini artırmak için hesaplama araçları ile tahmin edilir ve önceliklendirilir. İkincisi, roman webtool miRTaH, muhabir tahlil yapılarının ölçeksel olarak yönlendirilmiş tasarımlarını kolaylaştırır. Üçüncü olarak, otomatik ve standartlaştırılmış muhabir tahlilleri yapılır. HiTmIR'i miR-34a-5p kullanarak değerlendirdik, bunun için TNF- ve TGFB-sinyalizasyonu ve Parkinson Hastalığı (PD) ile ilgili kategoriler belirlendi ve miR-7-5p için boru hattı tekrarlandı. HiTmIR, miR-34a-5p için hedef genlerin %58,9'unu ve miR-7-5p için %46,7'sini onayladı. Hedeflemeyi nöronal hücre modelindeki hedeflerin endojen protein seviyelerini ölçerek doğruladık. Standartlaştırılmış pozitif ve negatif hedefler, eğitim için bir kaynağı temsil eden veya yeni hedef tahmincileri karşılaştıran yeni miRATBaz veritabanında toplanır. Farklı güven puanlarına sahip 88 hedef tahminciye uygulanan TargetScan 7.2 ve miRanda, diğer araçlardan daha iyi performans gösterdi. Deneylerimiz, HiTmIR'in etkinliğini gösterir ve düzenlenmiş bir miRNA-gen hedeflemesi için kanıt sağlar.
Özgün kaynak özetini okuyun
MicroRNAs are regulators of gene expression. A wide-spread, yet not validated, assumption is that the targetome of miRNAs is non-randomly distributed across the transcriptome and that targets share functional pathways. We developed a computational and experimental strategy termed high-throughput miRNA interaction reporter assay (HiTmIR) to facilitate the validation of target pathways. First, targets and target pathways are predicted and prioritized by computational means to increase the specificity and positive predictive value. Second, the novel webtool miRTaH facilitates guided designs of reporter assay constructs at scale. Third, automated and standardized reporter assays are performed. We evaluated HiTmIR using miR-34a-5p, for which TNF- and TGFB-signaling, and Parkinson's Disease (PD)-related categories were identified and repeated the pipeline for miR-7-5p. HiTmIR validated 58.9% of the target genes for miR-34a-5p and 46.7% for miR-7-5p. We confirmed the targeting by measuring the endogenous protein levels of targets in a neuronal cell model. The standardized positive and negative targets are collected in the new miRATBase database, representing a resource for training, or benchmarking new target predictors. Applied to 88 target predictors with different confidence scores, TargetScan 7.2 and miRanda outperformed other tools. Our experiments demonstrate the efficiency of HiTmIR and provide evidence for an orchestrated miRNA-gene targeting.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.