NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
GBA1 genindeki bir varyant, Parkinson hastalığını (PD) geliştirmek için en yaygın genetik risk faktörlerinden biridir. Burada serendipitöz bulgu, yeni nesil dizilemeyi kullanırken polimeraz bağımlı alel dengesizliği bildirilir, potansiyel olarak alel frekansı varyant çağrı eşiğinin altına düştüğünde (varsayılan olarak% 30'da) yanlış negatif sonuçlarla sonuçlanır. Tam GBA1 geni, PD hastalarından elde edilen tükürük DNA'sı üzerinde gelecek nesil dizileme kullanılarak dizilendi. Dört polimeraz zincir reaksiyon koşulları allelik dengesizlik üzerindeki etkiyi araştırmak için on iki numunede çeşitlendirildi: (1) primerler (n = 4); (2) polimeraz enzimleri (n = 2); (3) kullanılan polimeraz için belirtilen primer tavlama sıcaklığı (Ta) ve (4) DNA girişi miktarı. Başlangıçta, 1295 örnek Q5 Yüksek Fidelikli DNA Polimeraz kullanılarak sıralandı. 112 örnek (%8.6) eksonik varyanta sahipti ve ek 104 örnek (%8.0) eksonik varyanta sahipti ve varyant frekansı çağrı eşiğini %30 geçmemişti. Polimerazı TaKaRa LA Taq DNA Polimeraz Sıcak Başlangıç Sürümü olarak değiştirdikten sonra: RR042B, tüm numunelerde çağrı eşiğini geçen bir alel frekansı vardı. Alel frekansı, primer, tavlama sıcaklığı veya DNA girişi miktarındaki bir değişiklikten etkilenmedi. GBA1 geninin yeni nesil dizilimini kullanarak sıralanması, polimeraz spesifik alelik dengesizliğine duyarlı olabilir ve bu da büyük miktarda flase-negatif sonuçlara neden olabilir. Bu bizim durumumuzda polimerazı değiştirerek çözüldü. Önceki ve gelecekteki çalışmalarda GBA1 sıralama çıktısında düşük varyantlı çağrı frekansları gösteren bölgeler ek inceleme gerektirebilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
A variant in the GBA1 gene is one of the most common genetic risk factors to develop Parkinson's disease (PD). Here the serendipitous finding is reported of a polymerase dependent allelic imbalance when using next generation sequencing, potentially resulting in false-negative results when the allele frequency falls below the variant calling threshold (by default commonly at 30%). The full GBA1 gene was sequenced using next generation sequencing on saliva derived DNA from PD patients. Four polymerase chain reaction conditions were varied in twelve samples, to investigate the effect on allelic imbalance: (1) the primers (n = 4); (2) the polymerase enzymes (n = 2); (3) the primer annealing temperature (Ta) specified for the used polymerase; and (4) the amount of DNA input. Initially, 1295 samples were sequenced using Q5 High-Fidelity DNA Polymerase. 112 samples (8.6%) had an exonic variant and an additional 104 samples (8.0%) had an exonic variant that did not pass the variant frequency calling threshold of 30%. After changing the polymerase to TaKaRa LA Taq DNA Polymerase Hot-Start Version: RR042B, all samples had an allele frequency passing the calling threshold. Allele frequency was unaffected by a change in primer, annealing temperature or amount of DNA input. Sequencing of the GBA1 gene using next generation sequencing might be susceptible to a polymerase specific allelic imbalance, which can result in a large amount of flase-negative results. This was resolved in our case by changing the polymerase. Regions displaying low variant calling frequencies in GBA1 sequencing output in previous and future studies might warrant additional scrutiny.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.