NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Genom çapında yapılan dernek çalışmaları, dünya çapında en yaygın nörodejeneratif hareket bozukluğu olan Parkinson hastalığına (PD) duyarlılığı ile ilişkili genomik lokustaki genetik varyasyonu tanımlamıştır. PD-ilişkili lokus içinde bulunan genlerin alelik ekspresyon profillemesi kullanarak gen ekspresyonunu etkileyen cis-düzenleyici varyasyonu tanımladık. DNA ve RNA, postmortem superior frontal girus dokusundan ve PD hastalarından ve kontrollerinden tüm kan örneklerinden çıkarıldı. 12 GWAS risk genindeki transkripsiyonlu SNP'lerin göreli alelik ifadesi gerçek zamanlı qPCR tarafından analiz edildi. Allelele özgü ifade, beyin dokusu örneklerinde test edilen 12 genden 9'unda (GBA, TMEM175, RAB7L1, NUCKS1, MCCC1, BCKDK, ZNF646, LZTS3 ve WDHD1) tanımlanmıştır. Üç gen (GPNMB, STK39 ve SIPA1L2) önemli alel spesifik etkileri göstermemiştir. Allelele özgü etkiler üç gen (BCKDK, LZTS3 ve MCCC1) için tüm kanda doğrulandı, oysa iki gen (RAB7L1 ve NUCKS1) beyine özgü alelik ekspresyon gösterdi. Çalışmamız, gen ekspresyonunun cis-regülasyonunda yapılan değişikliklerin PD'deki genetik ilişkilerin büyük bir bölümünün arkasındaki önemli bir mekanizma olduğu hipotezini desteklemektedir. İlginç bir şekilde, nedensel varyantlar (GBA ve TMEM175) olduğuna inanılan kodlama varyantları için alel özgül ifade de gözlenmiştir, bu da eklenmenin ve diğer düzenleyici mekanizmaların hastalık gelişiminde rol oynayabileceğini göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Genome-wide association studies have identified genetic variation in genomic loci associated with susceptibility to Parkinson's disease (PD), the most common neurodegenerative movement disorder worldwide. We used allelic expression profiling of genes located within PD-associated loci to identify cis-regulatory variation affecting gene expression. DNA and RNA were extracted from post-mortem superior frontal gyrus tissue and whole blood samples from PD patients and controls. The relative allelic expression of transcribed SNPs in 12 GWAS risk genes was analysed by real-time qPCR. Allele-specific expression was identified for 9 out of 12 genes tested (GBA, TMEM175, RAB7L1, NUCKS1, MCCC1, BCKDK, ZNF646, LZTS3, and WDHD1) in brain tissue samples. Three genes (GPNMB, STK39 and SIPA1L2) did not show significant allele-specific effects. Allele-specific effects were confirmed in whole blood for three genes (BCKDK, LZTS3 and MCCC1), whereas two genes (RAB7L1 and NUCKS1) showed brain-specific allelic expression. Our study supports the hypothesis that changes to the cis-regulation of gene expression is a major mechanism behind a large proportion of genetic associations in PD. Interestingly, allele-specific expression was also observed for coding variants believed to be causal variants (GBA and TMEM175), indicating that splicing and other regulatory mechanisms may be involved in disease development.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.