NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Parkinson hastalığı (PD), yaşa bağlı ve ikinci en yaygın nörodejeneratif bozukluktur. Son yıllarda artan kanıtlar, periferik bağışıklık hücrelerinin beyin dokularına sızabileceğini ve bu da nöroinflamasyonu tetikleyebileceğini ve nörodejenerasyonu şiddetlendirebileceğini ortaya koydu. Bu çalışma, periferik bağışıklık hücrelerinin ve PD'deki bağışıklık sızması ile ilişkili imza genlerinin manzarasını aydınlatmayı amaçladı. Gen Expression Omnibus (GEO) veritabanından substantia nigra (SN)'nın çeşitli transkriptomik veri kümeleri ayrı ayrı eğitim kohortu, test kohortu ve dış doğrulama kohortu olarak toplanmıştır. Tek örnek gen seti zenginleştirme analizi ile hesaplanan her bir numunenin immunoscore'u periferik bağışıklık hücresi infiltrasyonunu yansıtmak ve PD ile sağlıklı katılımcılar arasındaki diferansiyel bağışıklık hücresi tiplerini tanımlamak için kullanılmıştır. Alıcı işletim karakteristik (ROC) eğri analizine göre, immünoscore, sırasıyla test kohortunda eğrinin altındaki alanın (AUC) = 0.883 genel doğruluğunu elde etti. İmmunoscore, 0.745 AUC ile dış doğrulama kohortunda iyi performans gösterdi. Bağıtsal analiz ve lojistik regresyon analizi bağışıklık hücreleri ile PD arasındaki korelasyonu analiz etmek için kullanıldı ve mast hücresi en çok PD oluşumu ile ilişkili olarak tanımlandı. Ek olarak, in vivo PD modelimizde artan mast hücreleri de gözlenmiştir. Ağırlıklı gen eş ekspresyonu ağ analizi (WGCNA), bir mast hücresi ile ilgili seçilen modül genleri için kullanıldı. Modül genlerini analiz etmek için en az mutlak büzülme ve seçim operatörü (LASSO) analizi ve rastgele orman analizi kullanıldı ve iki göbek geni RBM3 ve AGTR1 eğitim kohortundaki mast hücreleri ile ilişkili olarak tanımlandı. Bu kohortlarda ve PD modellerinde RBM3 ve AGTR1 ekspresyon seviyeleri, bu hub genlerinin PD'de önemli ölçüde azaldığını ortaya koydu. Dahası, yukarıda belirtilen iki genin ekspresyon eğilimi mast hücreleri ve dopaminerjik (DA) nöronlarda farklılık gösterdi. Sonuç olarak, bu çalışma sadece PD'de bağışıklık sızma desenlerinin bir manzarasını sergilemedi, aynı zamanda PD hastaları için potansiyel terapötik hedefler sağlayan mast hücreleri ve PD oluşumuyla ilişkili iki hub genini de tanımladı.
Özgün kaynak özetini okuyun
Parkinson's disease (PD) is an age-related and second most common neurodegenerative disorder. In recent years, increasing evidence revealed that peripheral immune cells might be able to infiltrate into brain tissues, which could arouse neuroinflammation and aggravate neurodegeneration. This study aimed to illuminate the landscape of peripheral immune cells and signature genes associated with immune infiltration in PD. Several transcriptomic datasets of substantia nigra (SN) from the Gene Expression Omnibus (GEO) database were separately collected as training cohort, testing cohort, and external validation cohort. The immunoscore of each sample calculated by single-sample gene set enrichment analysis was used to reflect the peripheral immune cell infiltration and to identify the differential immune cell types between PD and healthy participants. According to receiver operating characteristic (ROC) curve analysis, the immunoscore achieved an overall accuracy of the area under the curve (AUC) = 0.883 in the testing cohort, respectively. The immunoscore displayed good performance in the external validation cohort with an AUC of 0.745. The correlation analysis and logistic regression analysis were used to analyze the correlation between immune cells and PD, and mast cell was identified most associated with the occurrence of PD. Additionally, increased mast cells were also observed in our in vivo PD model. Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) was used to selected module genes related to a mast cell. The least absolute shrinkage and selection operator (LASSO) analysis and random-forest analysis were used to analyze module genes, and two hub genes RBM3 and AGTR1 were identified as associated with mast cells in the training cohort. The expression levels of RBM3 and AGTR1 in these cohorts and PD models revealed that these hub genes were significantly downregulated in PD. Moreover, the expression trend of the aforementioned two genes differed in mast cells and dopaminergic (DA) neurons. In conclusion, this study not only exhibited a landscape of immune infiltrating patterns in PD but also identified mast cells and two hub genes associated with the occurrence of PD, which provided potential therapeutic targets for PD patients (PDs).
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.