NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
PPARGC1A tarafından kodlanan transkripsiyonel regülatör peroksizom proliferatör aktif reseptör gama koaktivatörü 1A (PGC-1alpha) nörodejeneratif hastalıklara bağlanmıştır. Son zamanlarda keşfedilen CNS'ye özgü PPARGC1A transkriptleri, referans geninin 2 eksonuna eklenerek referans promotörünün çok yukarı akışına başlatılır ve ölüm sonrası insan beyin örneklerinde referans gen transkriptlerinden daha bol miktarda bulunur. CNS ve referans transkriptlerinden çevrilen proteinler sadece N-terminal bölgelerinde farklılık gösterir. CNS'ye özgü izoformlar ve referans proteinleri arasındaki fonksiyonel farklılıkları incelemek için, CNS'nin seçici endojen aktivasyonu veya SH-SY5Y hücrelerindeki referans promotörleri için düzenli olarak aralıklı kısa palindromik tekrarlar transkripsiyonel aktivasyonu (CRISPRA) kullandık. Hedeflerin ekspresyonu ve/veya ekson kullanımı RNA dizilemesi ile tespit edildi. Kontrollerle karşılaştırıldığında, CNS'nin aktivasyonundan sonra referans gen promotörden daha farklı olarak ifade edilen genler gözlemlenirken, alternatif ekson kullanımının büyüklüğü iki promotörün aktivasyonu arasında karşılaştırılabilirdi. Kanonik sinyalizasyon yolları, mitokondriyal ve sinir sistemi fonksiyonları ve nörolojik hastalıklarla promoter-seçici çağrışımlar gözlenmiştir. Farklı N-terminal ve PGC-1alpha izoformlarının paylaşılan aşağı akış bölgeleri, çok sayıda genin ekson kullanımını etkiler. Ayrıca, amyotrofik lateral skleroz ve Parkinson hastalığının risk genlerinin dernekleri, sırasıyla CNS'nin aktivasyonundan ve referans gen promotöründen kaynaklanan diferansiyel olarak ifade edilen genlerle kaydedildi. Bu nedenle, CNS'ye özgü izoformlar PPARGC1A ve CNS'ye özgü izoformların biyolojik işlevlerini belirgin bir şekilde arttırır ve referans proteinleri nörodejeneratif hastalıklarla ilgili ortak, tamamlayıcı ve seçici işlevlere sahiptir.
Özgün kaynak özetini okuyun
The transcriptional regulator peroxisome proliferator activated receptor gamma coactivator 1A (PGC-1α), encoded by PPARGC1A, has been linked to neurodegenerative diseases. Recently discovered CNS-specific PPARGC1A transcripts are initiated far upstream of the reference promoter, spliced to exon 2 of the reference gene, and are more abundant than reference gene transcripts in post-mortem human brain samples. The proteins translated from the CNS and reference transcripts differ only at their N-terminal regions. To dissect functional differences between CNS-specific isoforms and reference proteins, we used clustered regularly interspaced short palindromic repeats transcriptional activation (CRISPRa) for selective endogenous activation of the CNS or the reference promoters in SH-SY5Y cells. Expression and/or exon usage of the targets was ascertained by RNA sequencing. Compared to controls, more differentially expressed genes were observed after activation of the CNS than the reference gene promoter, while the magnitude of alternative exon usage was comparable between activation of the two promoters. Promoter-selective associations were observed with canonical signaling pathways, mitochondrial and nervous system functions and neurological diseases. The distinct N-terminal as well as the shared downstream regions of PGC-1α isoforms affect the exon usage of numerous genes. Furthermore, associations of risk genes of amyotrophic lateral sclerosis and Parkinson's disease were noted with differentially expressed genes resulting from the activation of the CNS and reference gene promoter, respectively. Thus, CNS-specific isoforms markedly amplify the biological functions of PPARGC1A and CNS-specific isoforms and reference proteins have common, complementary and selective functions relevant for neurodegenerative diseases.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.