NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planTirozin protein tirozin kinaz bağlayıcı protein (TYROBP), kovalent olmayan olarak çeşitli bağışıklık hücrelerinin yüzeyindeki aktive reseptörlere bağlanır ve sinyal transdüksiyonu ve hücresel aktivasyonu aracılık eder. Çeşitli malignitelerde düzensizdir, ancak düşük dereceli gliomadaki rolü hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı düşük dereceli glioma (LGG) TYROBP ekspresyonunun klinikopatik önemi, prognostik değeri ve bağışıklık imzasını araştırmaktır.MetodlarGlioma örnekleri ile normal dokular arasında farklı şekilde ifade edilen genler (DEG'ler) lima paketini kullanan iki GEO mikroarray veri kümesinden tanımlanmıştır. Her iki veri kümesinde üst üste gelen DEG'ler, Gene Ontoloji (GO) ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) analizleri ile işlevsel olarak not edilmiştir. STRING veritabanı DEG'lerin protein-protein etkileşimini (PPI) oluşturmak için kullanılmıştır. PPI ağı Cytoscape ve sitoHubba tarafından görselleştirildi ve çekirdek modül ve hub genleri tanımlandı. TYROBP ve hasta sağkalımının ekspresyon profili Oncomine, GEPIA2 ve CGGA veritabanlarında doğrulandı. TYROBP ekspresyonu ile klinikopatik özellikler arasındaki korelasyon değerlendirildi. Gene Set Zenginleştirme Analizi (GSEA) ve tek örnek GSEA (ssGSEA) TCGA'nın LGG verilerine dayanarak R tarafından gerçekleştirildi. TIMER2.0 veritabanı, LGG hastalarında TYROBP ekspresyonu ve tümör bağışıklık sızan hücreler arasındaki korelasyonu belirlemek için kullanılmıştır. Tek değişkenli ve çok değişkenli Cox regresyon analizleri, TCGA veritabanı üzerinden klinikopatik faktörlerin prognostik etkisini belirlemek için yapılmıştır.ResultsSixty-two üst üste binen DEG'ler 2 veri kümesinde tanımlandı ve esas olarak yaralama, odak yapışma, GTPaz aktivitesi ve Parkinson hastalık yollarına yanıt olarak zenginleştirildi. TYROBP, PPI ağı ve sitoHubba aracılığıyla tespit edildi. TYROBP ekspresyon seviyeleri, LGG dokularında normal dokulara kıyasla önemli ölçüde daha yüksekti ve daha kötü prognoz ve zayıf klinikopatolojik parametrelerle ilişkiliydi. Buna ek olarak, GSEA, TYROBP'nin nötrofil kemotaksi, makrofaj aktivasyonu, kemokin sinyal yolu, JAK-STAT sinyal yolu ve gama aminobütirik asit sinyal yolu, nörotransmitter taşıma, nöroaktif ligand reseptör kesişimi vb. ile pozitif olarak ilişkili olduğunu göstermiştir. TIMER2.0 ve ssGSEA, TYROBP ifadesinin nötrofillerin, makrofajların, miyeloid dendritik hücrelerin ve monositlerin sızmasıyla önemli ölçüde ilişkili olduğunu göstermiştir. M2 fenotip makrofajlarının, kanserle ilişkili fibroblastların ve miyeloid dendritik hücrelerin sızması, LGG hastalarında daha kötü prognoz ile ilişkiliydi. Son olarak, çok değişkenli analiz, yükseltilmiş TYROBP ifadesinin LGG için bağımsız bir risk faktörü olduğunu gösterdi.ConclusionTYROBP, LGG'de düzensizdir ve bağışıklık sızması ile ilişkilidir. LGG için potansiyel bir terapötik hedef ve prognostik işaretleyicidir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundTyrosine protein tyrosine kinase binding protein (TYROBP) binds non-covalently to activated receptors on the surface of various immune cells, and mediates signal transduction and cellular activation. It is dysregulated in various malignancies, although little is known regarding its role in low-grade glioma. The aim of this study is to explore the clinicopathological significance, prognostic value and immune signature of TYROBP expression in low-grade glioma (LGG).MethodsThe differentially expressed genes (DEGs) between glioma samples and normal tissues were identified from two GEO microarray datasets using the limma package. The DEGs overlapping across both datasets were functionally annotated by Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analyses. STRING database was used to establish the protein-protein interaction (PPI) of the DEGs. The PPI network was visualized by Cytoscape and cytoHubba, and the core module and hub genes were identified. The expression profile of TYROBP and patient survival were validated in the Oncomine, GEPIA2 and CGGA databases. The correlation between TYROBP expression and the clinicopathologic characteristics were evaluated. Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) and single-sample GSEA (ssGSEA) were performed by R based on the LGG data from TCGA. The TIMER2.0 database was used to determine the correlation between TYROBP expression and tumor immune infiltrating cells in the LGG patients. Univariate and multivariate Cox regression analyses were performed to determine the prognostic impact of clinicopathological factors via TCGA database.ResultsSixty-two overlapping DEGs were identified in the 2 datasets, and were mainly enriched in the response to wounding, focal adhesion, GTPase activity and Parkinson disease pathways. TYROBP was identified through the PPI network and cytoHubba. TYROBP expression levels were significantly higher in the LGG tissues compared to the normal tissues, and was associated with worse prognosis and poor clinicopathological parameters. In addition, GSEA showed that TYROBP was positively correlated to neutrophil chemotaxis, macrophage activation, chemokine signaling pathway, JAK-STAT signaling pathway, and negatively associated with gamma aminobutyric acid signaling pathway, neurotransmitter transport, neuroactive ligand receptor intersection etc. TIMER2.0 and ssGSEA showed that TYROBP expression was significantly associated with the infiltration of neutrophils, macrophages, myeloid dendritic cells and monocytes. The infiltration of the M2 phenotype macrophages, cancer-associated fibroblasts and myeloid dendritic cells correlated to worse prognosis in LGG patients. Finally, multivariate analysis showed that elevated TYROBP expression is an independent risk factor for LGG.ConclusionTYROBP is dysregulated in LGG and correlates with immune infiltration. It is a potential therapeutic target and prognostic marker for LGG.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.