NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Çeşitli patolojiler, Parkinson hastalığı ve çoğu nörodejeneratif hastalık, diyabet, pulmoner fibroz, viral enfeksiyonlar ve kanserler gibi endoplazmik retikulum (ER) homeostazın bozulmasından veya stresinden kaynaklanır. ER homeostazının korunmasında kritik bir süreç ER-ilişkili bozulma (ERAD) yoluyla imha için ER kalite kontrol sistemi tarafından yanlış katlanmış proteinlerin seçilmesidir. Yanlış katlanmış glikoprotein bozulmasının ilk adımları sırasında hareket etmesi önerilen önemli bir protein, ER bozunumu arttırıcı alfa-mannosidaz benzeri protein 2 (EDEM2) 'dir. Bu nedenle, EDEM2 ile ilişkili proteomun karakterizasyonu büyük ilgi görmektedir. EDEM2'yi kanser model sistemi olarak ifade eden melanom hücrelerini kullanarak, ER homeostazı ve kanser ilerlemesi arasındaki ortaya çıkan bağlantıyı deglikoproteom düzeyinde (N-glikozitler tanımlaması) belgelemeye başladık. Yüksek mannoz / hybrid N-glikans taşıyan EDEM2 gliko istemcilerini tanımlamak için oluşturulan veri seti, 600'den fazla melanom glikoproteini üzerinde 1000 N-glikozit üzerinde kapsamlı bir N-glikozit analizi haritalama sağlar. EDEM2-ilişkili proteinleri tanımlamak için, bütünleştirici bir iş akışında afinite proteomikleri ve sükroz yoğunluğu fraksiyonunun proteom çapında analizini kullandık. Yoğunluk ve spektral sayım bazlı niceleme kullanarak, hepsi ER kalite kontrol sistemi ve ERAD'da yer alan yedi yeni EDEM2 ortağını tanımlıyoruz. Dahası, deglikoproteomik, kararlı izotop etiketleme ile hücre kültürü temelli proteomik ve biyokimyasal yöntemleri birleştirerek EDEM2 bağımlı ERAD için yeni endojen adayları tanımladık. Bunlar arasında tümör antijenleri ve EDEM2'nin ifadesiyle negatif olarak ilişkili olan integrin alfa-1 ve protocadherin 2 dahil olmak üzere birkaç ER transitli endojen melanom proteini vardı. Tümör antijenleri antijen sunum sürecinde kilit rol oynarken, integrin alfa-1 ve protocadherin 2 melanom metastazı ve istilasında rol oynar. Bu nedenle EDEM2, bu glikoproteinlerdeki bozulma ve kaçakçılığın modülasyonu yoluyla melanomda düzenleyici bir role sahip olabilir. Burada sunulan veriler, EDEM2'nin ER homeostazına daha önce önerilenden daha büyük ölçüde dahil olduğunu göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Various pathologies result from disruptions to or stress of endoplasmic reticulum (ER) homeostasis, such as Parkinson's disease and most neurodegenerative illnesses, diabetes, pulmonary fibrosis, viral infections, and cancers. A critical process in maintaining ER homeostasis is the selection of misfolded proteins by the ER quality-control system for destruction via ER-associated degradation (ERAD). One key protein proposed to act during the first steps of misfolded glycoprotein degradation is the ER degradation-enhancing α-mannosidase-like protein 2 (EDEM2). Therefore, characterization of the EDEM2-associated proteome is of great interest. We took advantage of using melanoma cells overexpressing EDEM2 as a cancer model system, to start documenting at the deglycoproteome level (N-glycosites identification) the emerging link between ER homeostasis and cancer progression. The dataset created for identifying the EDEM2 glyco clients carrying high mannose/hybrid N-glycans provides a comprehensive N-glycosite analysis mapping over 1000 N-glycosites on more than 600 melanoma glycoproteins. To identify EDEM2-associated proteins, we used affinity proteomics and proteome-wide analysis of sucrose density fractionation in an integrative workflow. Using intensity and spectral count-based quantification, we identify seven new EDEM2 partners, all of which are involved in ER quality-control system and ERAD. Moreover, we defined novel endogenous candidates for EDEM2-dependent ERAD by combining deglycoproteomics, stable isotope labeling with amino acids in cell culture-based proteomics, and biochemical methods. These included tumor antigens and several ER-transiting endogenous melanoma proteins, including integrin alpha-1 and protocadherin 2, the expression of which was negatively correlated with that of EDEM2. Tumor antigens are key in the antigen presentation process, whereas integrin alpha-1 and protocadherin 2 are involved in melanoma metastasis and invasion. EDEM2 could therefore have a regulatory role in melanoma through the modulation of degradation and trafficking in these glycoproteins. The data presented herein suggest that EDEM2 is involved in ER homeostasis to a greater extent than previously suggested.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.