NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
BackgroundVentral orta beyindeki hücre tipleri, Parkinson hastalığı ve şizofreni gibi değişken genetik duyarlılığa sahip hastalıklarla ilgilidir. Birçok genetik varyant, düzenleyici bölgeleri etkiler ve gen ifadesini hücre tipine özgü bir şekilde kromatin yapısına ve erişilebilirliğine bağlı olarak değiştirir.SonuçlarVentral orta beynin 20,658 tek nüklei kromatin erişilebilirlik profilini genetik ve fenotipik olarak farklı iki fare suşundan bildiririz. Kromatin profillerine ve hücre kimlik genlerini kontrol eden erişilebilir bölgelerin analizine dayanan on hücre türünü ayırt ediyoruz, hücre tipine özgü anahtar transkripsiyon faktörlerini vurgulamaktadır. Fare suşlarını ayıran düzenleyici varyasyon, kromatin seviyesinden daha fazla transkriptom üzerinde tezahür eder. Bununla birlikte, hücre tipi düzeyindeki veriler doku seviyesinde yakalanmayan değişiklikleri ortaya koymaktadır. Orta beyin gen ekspresyonunda cis-etkili varyasyonun kapsamını ve hücre tipi özgüllüğünü keşfetmek için, putatif düzenleyici varyantları belirler ve diferansiyel olarak ifade edilen loci'de zenginleştirildiğini gösteririz. Son olarak, TCF7L2'yi orta beyin nöronlarında trans-etkin varyasyona seçici olarak aracılık etmek için buluyoruz.SonuçlarVeri setimiz, mezensefalondaki gen düzenlemesini incelemek için kapsamlı bir kaynak sağlar ve orta beyindeki hücre kimliğinin kontrolüne ilişkin bilgiler sağlar ve muhtemelen fare suşları arasındaki fenotipik ve davranışsal farklılıkların altında yatan hücre tipine özgü düzenleyici varyasyonu tanımlar.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundCell types in ventral midbrain are involved in diseases with variable genetic susceptibility, such as Parkinson's disease and schizophrenia. Many genetic variants affect regulatory regions and alter gene expression in a cell-type-specific manner depending on the chromatin structure and accessibility.ResultsWe report 20,658 single-nuclei chromatin accessibility profiles of ventral midbrain from two genetically and phenotypically distinct mouse strains. We distinguish ten cell types based on chromatin profiles and analysis of accessible regions controlling cell identity genes highlights cell-type-specific key transcription factors. Regulatory variation segregating the mouse strains manifests more on transcriptome than chromatin level. However, cell-type-level data reveals changes not captured at tissue level. To discover the scope and cell-type specificity of cis-acting variation in midbrain gene expression, we identify putative regulatory variants and show them to be enriched at differentially expressed loci. Finally, we find TCF7L2 to mediate trans-acting variation selectively in midbrain neurons.ConclusionsOur data set provides an extensive resource to study gene regulation in mesencephalon and provides insights into control of cell identity in the midbrain and identifies cell-type-specific regulatory variation possibly underlying phenotypic and behavioural differences between mouse strains.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.