NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Arka planParkinson hastalığı (PD), orta beyindeki motor ve bilişsel işlevi değiştiren nöronların eksikliği ile işaretlenen nörolojik bir hastalıktır. Substantia nigra'da dopamin üreten nöronların seçici ölümü bu hastalığın ana nedeniydi. Bu araştırmanın amacı, PD gelişimine dahil olan genleri keşfetmekti.MetodlarBu çalışmada, GEO tarafından sağlanan mikroarray veri kümesi (GSE22491) daha fazla analiz için kullanıldı. R yazılımı altındaki Limma paketi gen ifadesini incelemek ve değerlendirmek ve DEG'leri tanımlamak için kullanıldı. DAVID çevrimiçi aracı, GO zenginleştirme analizini ve DEG'ler için KEGG yolunu gerçekleştirmek için kullanıldı. Dahası, bu DEG'lerin PPI ağı STRING veritabanı kullanılarak tasvir edildi ve hub genlerini tanımlamak için Cytoscape aracılığıyla analiz edildi. Destek vektör makinesi (SVM) sınıflandırıcısı daha sonra genlerin doğruluğunu tahmin etmek için kullanıldı.ResultPPI ağı 264 düğümden oluşuyordu ve R yazılımı altında Limma paketinden tanınan DEG'ler kullanılarak 502 kenar oluşturuldu. Ayrıca, üç gen hub olarak tanımlandı: GNB5, GNG11 ve ELANE. 3-gen kombinasyonu kullanılarak, SVM %88 tahmin doğruluğu elde edilebilir bulundu.BuluşmaÇalışmanın bulgularına göre, 3 hub genleri GNB5, GNG11 ve ELANE PD tespit biyobelirteçleri olarak kullanılabilir. Ayrıca, yüksek doğrulukla SVM'den elde edilen sonuçlar, daha sonraki araştırmalarda PD biyobelirteçleri olarak düşünülebilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundParkinson's disease (PD) is a neurological disorder that is marked by the deficit of neurons in the midbrain that changes motor and cognitive function. In the substantia nigra, the selective demise of dopamine-producing neurons was the main cause of this disease. The purpose of this research was to discover genes involved in PD development.MethodsIn this study, the microarray dataset (GSE22491) provided by GEO was used for further analysis. The Limma package under R software was used to examine and assess gene expression and identify DEGs. The DAVID online tool was used to accomplish GO enrichment analysis and KEGG pathway for DEGs. Furthermore, the PPI network of these DEGs was depicted using the STRING database and analyzed through the Cytoscape to identify hub genes. Support vector machine (SVM) classifier was subsequently employed to predict the accuracy of genes.ResultPPI network consisted of 264 nodes as well as 502 edges was generated using the DEGs recognized from the Limma package under the R software. Moreover, three genes were identified as hubs: GNB5, GNG11, and ELANE. By using 3-gene combination, SVM found that prediction accuracy of 88% can be achieved.ConclusionAccording to the findings of the study, the 3 hub genes GNB5, GNG11, and ELANE may be used as PD detection biomarkers. Moreover, the results obtained from SVM with high accuracy can be considered as PD biomarkers in further investigations.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.