NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Küresel popülasyondaki farklı kanser türlerinin epidemiyolojik araştırması, Parkinson hastalıklarında (PD) mesane kanseri (BLCA) riskinin azaldığını bildirmiştir. Son zamanlarda PD patolojisinde kritik bir gen olan SNCA'nın tümörigenezi ile ilgili olduğu bildirilmiştir. Bununla birlikte, SNCA'nın BLCA'daki rolü belirsizliğini korumaktadır. Bu çalışmada, SNCA'nın BLCA'da prognostik tanısal moleküler biyobelirteç olarak potansiyel değerini araştırmayı amaçladık.MetodlarBu çalışmada, BLCA'da SNCA'nın ifade deseni, prognostik değeri ve promoter metilasyon seviyesini GEPIA2, UALCAN, TCGA, GENT2, GEO ve c-BioPortal veritabanı ile araştırdık. Daha sonra, WGCNA tarafından daha ileri bir çalışma için SNCA'nın eş ifade genlerini elde etmek için LinkedOmics veritabanını kullandık. SNCA ifadesi ile altı ana bağışıklık hücresi infiltrasyonu ve bağışıklık imzası arasındaki korelasyonları TIMER tarafından daha fazla araştırdık. Son olarak, 5-Aza-CdR ile tedavi edilen BLCA hücre çizgileri artmış metilasyon ile düşük regüle edilmiş mRNA ekspresyonu arasındaki korelasyonu araştırmak için kullanılmıştır.ResultsSNCA, kohortumuzda qRT-PCR ve immünohistokimya tarafından doğrulanan TCGA-BLCA, GENT2 ve GEO'daki tümör dokularında aşağı doğru düzenlenmiştir. SNCA, genel olarak zayıf hayatta kalma (OS) konusunda bağımsız bir tahminci olarak doğrulandı. LinkedOmics analizi, SNCA'nın hücre yapışma moleküllerini, sitokin-sitokin reseptör etkileşimini ve kompleman ve pıhtılaşma basamaklarını düzenlediğini öne sürdü. Yirmi iki eş ifade gen modülü WGCNA tarafından inşa edildi ve çoğu işletim sistemi ve hastalıksız hayatta kalma (DFS) ile önemli ölçüde ilişkiliydi. Altı anahtar gen (CNTN1, DACT3, MYLK1, PDE2A, RBM24 ve ST6GALNAC3) de prognoz ile önemli ölçüde ilişkili olarak incelenmiştir. SNCA ekspresyonu ile bağışıklık infiltrasyonları arasında, özellikle T hücresi arasında, bağışıklık infiltrasyonunun SNCA'nın BLCA'daki prognoz üzerindeki etkisinin nedenlerinden biri olduğunu öne süren önemli korelasyonlar vardı. ULACAN ve c-BioPortal tarafından yapılan analizler, SNCA'nın promotör metilasyonunun mRNA seviyesi ile negatif korelasyon gösterdiğini göstermiştir. Dahası, 5-Aza-CdR ile BLCA hücre tedavisi, SNCA ekspresyon seviyelerinin azalmış metilasyon ile yükseltildiğini ortaya koymuştur.Araştırmamız, SNCA'nın BLCA'da düşürülmüş olduğunu ve DNA metilasyonu ile negatif korelasyon olduğunu göstermiştir. Yüksek SNCA ekspresyonu prognoz için bağımsız bir risk olarak doğrulandı. SNCA muhtemelen bağışıklık hücrelerinin sızmasında, özellikle T hücrelerinde önemli bir rol oynar. Bu nedenle, SNCA BLCA hastalarında umut verici bir prognostik biyobelirteç olabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundThe epidemiological investigation of different cancer types in the global population has reported a decreased risk of bladder cancer (BLCA) in Parkinson's diseases (PD). SNCA a critical gene in PD pathology have been reported involved in tumorigenesis recently. However, the role of SNCA in BLCA remains unclear. This study aimed to explore the potential value of SNCA as a prognostic diagnostic molecular biomarker in BLCA.MethodsIn this study, we explored the expression pattern, prognostic value and promoter methylation level of SNCA in BLCA by GEPIA2, UALCAN, TCGA, GENT2, GEO and c-BioPortal database. Then, we used LinkedOmics database to obtain the co-expression genes of SNCA for further study by WGCNA. We further investigated the correlations between SNCA expression and six main types of immune cell infiltrations and immune signatures by TIMER. Finally, BLCA cell lines treated with 5-Aza-CdR were used to explore the correlation between increased methylation and downregulated mRNA expression.ResultsSNCA was downregulated in tumor tissues in TCGA-BLCA, GENT2 and GEO, which was validated in our cohort by qRT-PCR and immunohistochemistry. SNCA was confirmed as an independent predictor of poor overall survival (OS). LinkedOmics analysis suggested that SNCA regulates cell adhesion molecules, cytokine-cytokine receptor interaction, and complement and coagulation cascades. Twenty-two co-expression gene modules were constructed by WGCNA, and most of them were significantly associated with OS and disease-free survival (DFS). Six key genes (CNTN1, DACT3, MYLK1, PDE2A, RBM24, and ST6GALNAC3) screened also significantly correlated with prognosis. There were significant correlations between SNCA expression and immune infiltrations, especially T cell, suggesting that immune infiltration was one of the reasons for the influence of SNCA on prognosis in BLCA. Analysis by ULACAN and c-BioPortal showed that the promoter methylation of SNCA negatively correlated with its mRNA level. Furthermore, BLCA cell treatment with 5-Aza-CdR revealed that SNCA expression levels were upregulated with decreased methylation.ConclusionOur research showed that SNCA was downregulated in BLCA and negatively correlation with DNA methylation. High SNCA expression was confirmed as an independent risk for prognosis. SNCA probably plays an important role in the infiltration of immune cells, especially with T cells. Thus, SNCA may be a promising prognostic biomarker in BLCA patients.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.