NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Rakip endojen RNA (ceRNA) ağı, hem fizyolojik hem de patolojik ilerlemeleri kontrol eden yeni keşfedilen bir transkripsiyon sonrası düzenlemedir. Giderek artan araştırma çalışmaları, yeni kodlamayan RNA'ların, psödogenlerin, dairesel RNA'ların ve haberci RNA'ların işlevini araştırmak için bu teoriye dönüşmüştür. CeRNA ağlarını analiz etmek için birkaç R paketi veya hesaplama aracı olmasına rağmen, ceRNA düzenlemesini tanımlamak için kullanımı kolay hesaplama araçlarına acil bir ihtiyaç hala devam etmektedir. Ayrıca, geleneksel araçlar esas olarak nörodejeneratif hastalıklardakiler yerine malignitelerdeki ceRNA'ları araştırmaya adanmıştı. Bu boşluğu doldurmak için, diferansiyel gen analizi ve fonksiyonel açıklama da dahil olmak üzere, ceRNA ağının inşasını ve analizini sağlamak ve görselleştirmek için yaygın olarak kullanılan hesaplama yöntemlerini ve veritabanlarını entegre eden etkileşimli bir R / Shiny uygulaması olan ceRNAshiny'yi geliştirdik. Buna ek olarak, ceRNAshiny'deki demo veriler Parkinson hastalığı gibi nörodejeneratif hastalıklar hakkında ceRNA ağ analizleri sağlayabilir. Genel olarak, ceRNAshiny, tüm araştırmacılara, özellikle yerleşik bir biyoinformatik boru hattından yoksun olanlara ve ceRNA ağlarını incelemekle ilgilenenlere fayda sağlayan kullanıcı dostu bir uygulamadır.
Özgün kaynak özetini okuyun
The competing endogenous RNA (ceRNA) network is a newly discovered post-transcriptional regulation that controls both physiological and pathological progresses. Increasing research studies have been pivoted on this theory to explore the function of novel non-coding RNAs, pseudogenes, circular RNAs, and messenger RNAs. Although there are several R packages or computational tools to analyze ceRNA networks, an urgent need for easy-to-use computational tools still remains to identify ceRNA regulation. Besides, the conventional tools were mainly devoted to investigating ceRNAs in malignancies instead of those in neurodegenerative diseases. To fill this gap, we developed ceRNAshiny, an interactive R/Shiny application, which integrates widely used computational methods and databases to provide and visualize the construction and analysis of the ceRNA network, including differential gene analysis and functional annotation. In addition, demo data in ceRNAshiny could provide ceRNA network analyses about neurodegenerative diseases such as Parkinson's disease. Overall, ceRNAshiny is a user-friendly application that benefits all researchers, especially those who lack an established bioinformatic pipeline and are interested in studying ceRNA networks.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.