Impact of Skin Tissue Collection Method on Downstream MALDI-Imaging.

Araştırma özeti

Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by

MALDI görüntüleme, hastalıkların patofizyolojilerini incelemek için kullanılan yeni bir tekniktir. Metabolomik ve lipitomiği alanındaki gelişmeler, kanser ve nörodejeneratif hastalıklar (Parkinson's) gibi çeşitli hastalıklarda yer alan sinyal yollarının haritalandırılmasında etkili olmuştur. MALDI görüntüleme esnektir ve birçok örnek türünü işleyebilir. Araştırmacılar öncelikle bilimsel sorularını cevaplamak için formalin sabit parafin gömülü (FFPE) veya taze dondurulmuş doku örneklerini kullanırlar. FFPE örnekleri kolay uzun süreli depolamaya izin verir, ancak kapsamlı örnek işleme gereksinimi, biyolojik dokudaki metabolit dağılımının net bir resmini sağlama yeteneğini sınırlayabilir. Dondurulmuş örnekler daha az kullanım gerektirir, ancak toplama ve depolama için lojistik zorluklar sunar. Çoğunlukla kanser hücresi hatlarına odaklanan birkaç çalışma, bu iki doku fiksasyonu yaklaşımını kullanarak MALDI görüntüleme sonuçlarını doğrudan karşılaştırmıştır. Burada, FFPE ve taze dondurulmuş numune hazırlamayı murin cilt örnekleri için doğrudan karşılaştırdık ve işlemedeki farklılıkların MALDI'yi nasıl etkilediğini anlamak için ayrıntılı yol analizi yaptık. Sonuçlarımız, FFPE ve taze dondurulmuş yöntemlerin, putatif tanımlanmış metabolit içeriği ve dağılımında önemli ölçüde farklılık gösterdiğini göstermektedir. Fiksasyon yöntemleri pozitif modda sadece 2037 metaboliti, negatif iyon modunda ise sadece 4079 metaboliti paylaşmıştır. Bununla birlikte, her iki fiksasyon yaklaşımı da aşağı akış floresan boyamaya izin verir, bu da klinik olarak değerli örnekler için zaman ve kaynak tasarrufu sağlayabilir. Bu çalışma, iki ana doku işleme yönteminin sonraki MALDI-MSI üzerindeki etkilerinin doğrudan bir karşılaştırmasını temsil eder. Sonuçlarımız kanser dokusundaki önceki çalışmalara benzer olsa da, ciltte MALDI-MSI kullananlar için yeni bilgiler sağlar.

Özgün kaynak özetini okuyun

MALDI imaging is a novel technique with which to study the pathophysiologies of diseases. Advancements in the field of metabolomics and lipidomics have been instrumental in mapping the signaling pathways involved in various diseases, such as cancer and neurodegenerative diseases (Parkinson's). MALDI imaging is flexible and can handle many sample types. Researchers primarily use either formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) or fresh frozen tissue samples to answer their scientific questions. FFPE samples allow for easy long-term storage, but the requirement for extensive sample processing may limit the ability to provide a clear picture of metabolite distribution in biological tissue. Frozen samples require less handling, but present logistical challenges for collection and storage. A few studies, mostly focused on cancer cell lines, have directly compared the results of MALDI imaging using these two tissue fixation approaches. Herein, we directly compared FFPE and fresh frozen sample preparation for murine skin samples, and performed detailed pathway analysis to understand how differences in processing impact MALDI results from otherwise identical tissues. Our results indicate that FFPE and fresh frozen methods differ significantly in the putative identified metabolite content and distribution. The fixation methods shared only 2037 metabolites in positive mode and only 4079 metabolites in negative ion mode. However, both fixation approaches allowed for downstream fluorescent staining, which may save time and resources for samples that are clinically precious. This work represents a direct comparison of the impacts of the two main tissue processing methods on subsequent MALDI-MSI. While our results are similar to previous work in cancer tissue, they provide novel insights for those using MALDI-MSI in skin.

Bilimsel değerlendirme

Araştırma sorusu

Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.

Yöntem ve örneklem

Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.

Temel bulgular

Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.

Sınırlılıklar

Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.

Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.