NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Beyin endotel hücreleri (BEC'ler), oksijen ve besin maddeleri sağlayan, parankima hücrelerini toksinlerden koruyan ve beyin homeostazını korumak için atıkları boşaltan önemli kanallardır. BEC'lerin bozulması, Alzheimer hastalığı ve Parkinson hastalığı da dahil olmak üzere çeşitli nörodejeneratif hastalıklarla ilişkilendirilmiştir. Bu nedenle, BEC'lerin moleküler analizi, bu nörolojik hastalıkların moleküler patogenezini anlamak için önemlidir. BEC'ler için birçok transkriptom analizi geliştirilmiş olsa da, mRNA seviyeleri mutlaka aktif olarak tercüme edilen proteinlerin seviyeleri ile ilişkili değildir. RiboTag fareleri kullanılarak yapılan translatom analizinde, bir ribozomal bileşen olan Rpl22, Cre rekombinaz aktivasyonu altındaki hemaglutin epitopu tarafından etiketlenir, bu uyarıların üstesinden gelen mükemmel bir araç olarak hizmet edebilir. Bununla birlikte, bu tekniğin uygulanması, yüksek gürültü-sinyal oranlarının yanı sıra, toplu gen ekspresyonu analizini sınırlayan BEC'lerden mRNA'ların düşük verimi ile sınırlıdır. Bu çalışmada, sekiz ila on iki haftalık erkek Tie2-Cre korteksindeki BEC'lerden son derece saf mRNA'ları izole etmek için bir protokol kurduk; Rpl22HA/HA fareleri, immünopresipitasyondan önce kan damarlarını yakalamak için bir hücre süzgeci kullanarak. RT-PCR sonuçlarına göre, protokolümüz tarafından izole edilen mRNA havuzlarının özgüllüğü, standart protokol tarafından izole edilen havuzlardan çok daha yüksekti. Ayrıca, protokolümüzle izole edilmiş az miktarda mRNA ile RNA-seq için yüksek kaliteli bir cDNA kütüphanesi üretebildik. Böylece, bu optimize edilmiş yöntem, moleküler düzeydeki BEC'lerin gelecekteki çalışmaları için yararlı olacaktır.
Özgün kaynak özetini okuyun
Brain endothelial cells (BECs) are important conduits that deliver oxygen and nutrients, protect parenchyma cells from toxins, and drain wastes to maintain brain homeostasis. Impairment of BECs has been implicated in diverse neurodegenerative diseases, including Alzheimer's disease and Parkinson's disease. Therefore, molecular analysis of BECs is important for understanding the molecular pathogenesis of these neurological diseases. Even though many transcriptome analyses for BECs have been developed, mRNA levels do not necessarily correlate with the levels of actively translated proteins. Translatome analysis using RiboTag mice, in which Rpl22, a ribosomal component, is tagged by the hemagglutinin epitope under Cre recombinase activation, could serve as an excellent tool that overcomes these caveats. However, implementation of this technique is limited by high noise-to-signal ratios as well as the low yield of mRNAs from BECs, which limits bulk gene expression analysis. In this study, we established a protocol to isolate highly pure mRNAs from BECs in the cortex of eight- to twelve-week-old male Tie2-Cre; Rpl22HA/HA mice by using a cell strainer to trap blood vessels prior to immunoprecipitation. According to the results of RT-PCR, the specificity of the mRNA pools isolated by our protocol was much higher than that of the pools isolated by the standard protocol. We were also able to generate a high-quality cDNA library for RNA-seq with the small amount of mRNA isolated with our protocol. Thus, this optimized method will be useful for future studies of BECs at the molecular level.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.