NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
AmaçParkinson hastalığı (PD) ve periodontitin altında yatan genetik bağlantı mekanizmalarını belirlemek ve bu iki hastalık arasındaki çaprazlamada immünolojinin rolünü araştırmak.MetodlarPD hastalarının tüm kan dokusu ve periodontitis hastalarının diş eti dokusu ile ilişkili gen ekspresyonu omnibus (GEO) veri kümeleri elde edildi. Daha sonra, çapraz konuşma genleri olarak tanımlanan her iki hastalıkta da deregüle edilen diferansiyel ifade genlerini (DEG) tanımlamak için diferansiyel ifade analizi yapıldı. Enflamatuvar yanıtla ilişkili genler (IRRG'ler) MSigDB veritabanından indirildi ve k-anlam kümesi analizi kullanılarak her iki hastalığın vaka örneklerini farklı kümelere bölmek için kullanıldı. Özellik seçimi LASSO modeli kullanılarak gerçekleştirildi. Böylece, hub çaprazlama genleri tespit edildi. Daha sonra, çapraz konuşma IRRG'leri seçildi ve hub çapraz konuşma genleri ile hub IRRG'ler arasındaki korelasyonu araştırmak için Pearson korelasyon katsayısı analizi uygulandı. Ayrıca, her iki hastalıkta da bağışıklık hücrelerinin zenginleşmesini incelemek için bağışıklık infiltrasyon analizi yapılmıştır. Hub crosstalk genleri ile yüksek oranda zenginleştirilmiş bağışıklık hücreleri arasındaki korelasyon da araştırılmıştır.SonuçlarGenel olarak, PD ile ilişkili DEG'ler ile periodontitle ilişkili DEG'ler arasında 37 crosstalk geninin örtüştüğü bulunmuştur. Kümeleme analizi kullanılarak, sırasıyla k = 2 ve k = 3 olduğunda periodontitis ve PD için en uygun kümeleme etkileri elde edildi. LASSO özellik seçimi kullanılarak, FMNL1, MANSC1, PLAUR, RNASE6 ve TCIRG1 olmak üzere beş hub çaprazlama geni tanımlanmıştır. Periodontitis'te MANSC1 negatif korelasyon gösterdi ve diğer dört hub çaprazlama geni (FMNL1, PLAUR, RNASE6 ve TIRG1), AQP9, C5AR1, CD14, CSF3R ve PLAUR olmak üzere beş hub IRRG ile pozitif korelasyon gösterdi. PD'de, beş hub çapraz konuşma geninin tümü, beş hub IRRG ile pozitif olarak ilişkiliydi. Ek olarak, RNASE6 periodontitte miyeloid türevli baskılayıcı hücreler (MDSC'ler) ile yüksek oranda ilişkiliydi ve MANSC1, PD'de plazmasitoid dendritik hücrelerle yüksek oranda ilişkiliydi.KonklüzyonFive genleri (yani, FMNL1, MANSC1, PLAUR, RNASE6, ve TIRG1) PD ve periodontitleri bağlayan çapraz konuşma biyobelizörtleri olarak tanımlandı. Bu çapraz konuşma genleri ve bağışıklık hücreleri arasındaki önemli korelasyon, immünolojinin her iki hastalığı birbirine bağlamaya dahil olduğunu güçlü bir şekilde göstermektedir.
Özgün kaynak özetini okuyun
ObjectiveTo identify the genetic linkage mechanisms underlying Parkinson's disease (PD) and periodontitis, and explore the role of immunology in the crosstalk between both these diseases.MethodsThe gene expression omnibus (GEO) datasets associated with whole blood tissue of PD patients and gingival tissue of periodontitis patients were obtained. Then, differential expression analysis was performed to identify the differentially expressed genes (DEGs) deregulated in both diseases, which were defined as crosstalk genes. Inflammatory response-related genes (IRRGs) were downloaded from the MSigDB database and used for dividing case samples of both diseases into different clusters using k-means cluster analysis. Feature selection was performed using the LASSO model. Thus, the hub crosstalk genes were identified. Next, the crosstalk IRRGs were selected and Pearson correlation coefficient analysis was applied to investigate the correlation between hub crosstalk genes and hub IRRGs. Additionally, immune infiltration analysis was performed to examine the enrichment of immune cells in both diseases. The correlation between hub crosstalk genes and highly enriched immune cells was also investigated.ResultsOverall, 37 crosstalk genes were found to be overlapping between the PD-associated DEGs and periodontitis-associated DEGs. Using clustering analysis, the most optimal clustering effects were obtained for periodontitis and PD when k = 2 and k = 3, respectively. Using the LASSO feature selection, five hub crosstalk genes, namely, FMNL1, MANSC1, PLAUR, RNASE6, and TCIRG1, were identified. In periodontitis, MANSC1 was negatively correlated and the other four hub crosstalk genes (FMNL1, PLAUR, RNASE6, and TCIRG1) were positively correlated with five hub IRRGs, namely, AQP9, C5AR1, CD14, CSF3R, and PLAUR. In PD, all five hub crosstalk genes were positively correlated with all five hub IRRGs. Additionally, RNASE6 was highly correlated with myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) in periodontitis, and MANSC1 was highly correlated with plasmacytoid dendritic cells in PD.ConclusionFive genes (i.e., FMNL1, MANSC1, PLAUR, RNASE6, and TCIRG1) were identified as crosstalk biomarkers linking PD and periodontitis. The significant correlation between these crosstalk genes and immune cells strongly suggests the involvement of immunology in linking both diseases.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.