NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Parkinson hastalığı (PD), orta yaşlı ve yaşlı insanlarda yaygın bir nörodejeneratif hastalıktır ve bağışıklık ile PD arasındaki ilişki hakkında daha az araştırma vardır. Bu çalışmada, protein-protein etkileşim ağları (PPI) verileri, 2747 insan bağışıklıkla ilişkili genler (HIRGs), 2078 PD ile ilgili genler (PDRGs) ve PD ile ilgili veri kümeleri (GSE49036 ve GSE20292) sırasıyla İnsan Protein Referans Veritabanı (HPRD), Amigo 2, DisGeNET ve Gen İfade Omnibus (GEO) veritabanlarından indirildi. GSE49036 veri kümesi ve HPRD veritabanına dayalı olarak bağışıklık veya PD yönlendirmeli bir komşu eş eksprese ağ yapımı (IOPDNC) çizildi. Ayrıca, PD güdümlü bir komşu ortak ifade ağı inşa edildi. Modüler kümeleme analizi, GraphWeb çevrimiçi web sitesini kullanarak merkezi çekirdek genleri elde etmek için ilk adımda elde edilen gen etkileşim ağının genleri üzerinde gerçekleştirildi. İlk 5 fonksiyonel puana ve altıdan büyük çekirdek gen sayısına sahip modüller PD ile ilgili gen modülleri olarak seçildi. Gen Ontolojisi (GO) ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) farklı modül genlerinin zenginleştirme analizleri yapıldı. Tek örnek Gen Kümesi Zenginleştirme Analizi (ssGSEA) algoritması, PD'nin ve normal örneklerin bağışıklık hücresi sızmasını hesaplamak için kullanıldı. Modül genlerinin ekspresyonunu araştırmak için nicel Ters Transkripsiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qRT-PCR) gerçekleştirildi. Bir IOPDNC ve PD yönlendirmeli komşu ortak ifade ağı (PDNC ağı) inşa edildi. Ayrıca, PD ve normal örnekleri ayırt edebilen toplam 5 bağışıklık-PD modülü tespit edildi ve bu modül genleri protein etkileşimi veya gen ekspresyonu seviyesinde PD ile güçlü bir şekilde ilişkiliydi. Buna ek olarak, fonksiyonel analiz, modül genlerinin Alzheimer hastalığı, Huntington hastalığı, Parkinson hastalığı ve Uzun süreli depresyon gibi çeşitli nörodejeneratif hastalıklarda yer aldığını göstermiştir. Buna ek olarak, 6 modülün genleri bu 4 diferansiyel bağışıklık hücresiyle (aDC hücreleri, eozinofiller, nötrofiller ve Th2 hücreleri) önemli ölçüde ilişkiliydi. Son olarak, qRT-PCR'nin sonucu, 6 modül geninin ekspresyonunun normal numunelerde PD örneklerinden önemli ölçüde daha yüksek olduğunu gösterdi. Çalışmamızda, bağışıklıkla ilişkili genlerin PD ile güçlü bir şekilde ilişkili olduğu ve PD'de önemli roller oynayabileceği bulundu.
Özgün kaynak özetini okuyun
Parkinson's disease (PD) is a common neurodegenerative disease in middle-aged and elderly people, and there is less research on the relationship between immunity and PD. In this study, the protein-protein interaction networks (PPI) data, 2747 human immune-related genes (HIRGs), 2078 PD-related genes (PDRGs), and PD-related datasets (GSE49036 and GSE20292) were downloaded from the Human Protein Reference Database (HPRD), Amigo 2, DisGeNET, and Gene Expression Omnibus (GEO) databases, respectively. An immune- or PD-directed neighbor co-expressed network construction (IOPDNC) was drawn based on the GSE49036 dataset and HPRD database. Furthermore, a PD-directed neighbor co-expressed network was constructed. Modular clustering analysis was performed on the genes of the gene interaction network obtained in the first step to obtain the central core genes using the GraphWeb online website. The modules with the top 5 functional scores and the number of core genes greater than six were selected as PD-related gene modules. The Gene Ontology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) enrichment analyses of different module genes were performed. The single sample Gene Set Enrichment Analysis (ssGSEA) algorithm was used to calculate the immune cell infiltration of the PD and the normal samples. The quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) was performed to investigate the expression of module genes. An IOPDNC and PD-directed neighbor co-expressed network (PDNC network) were constructed. Furthermore, a total of 5 immune-PD modules were identified which could distinguish between PD and normal samples, and these module genes were strongly related to PD in protein interaction level or gene expression level. In addition, functional analysis indicated that module genes were involved in various neurodegenerative diseases, such as Alzheimer disease, Huntington disease, Parkinson disease, and Long-term depression. In addition, the genes of the 6 modules were significantly associated with these 4 differential immune cells (aDC cells, eosinophils, neutrophils, and Th2 cells). Finally, the result of qRT-PCR manifested that the expression of 6 module genes was significantly higher in normal samples than in PD samples. In our study, the immune-related genes were found to be strongly related to PD and might play key roles in PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.