NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Lewy cisimleri (DLB) ve Parkinson hastalığı demansı (PDD) ile ObjectiveDementia toplu olarak Lewy vücut demansı (LBD) olarak bilinir. LBD'nin heterojen doğası ve hastaların sunabildiği farklı semptom takımyıldızları göz önüne alındığında, bu iki izoform arasındaki farklılıkların altında yatan tam moleküler mekanizma hala bilinmemektedir. Bu nedenle, bu çalışma PDD ve DLB arasında ayrım yapan biyobelirteçleri ve potansiyel mekanizmaları keşfetmeyi amaçladı.MethodsGSE150696'nın mRNA ekspresyon profili veri kümesi Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanından edinildi. 12 DLB ve 12 PDD arasındaki farklı ifade edilen genler (DEG'ler) GEO2R kullanarak insan postmortem beyinlerinin Brodmann alanından 9 olarak tanımlanmıştır. İlgili potansiyel sinyalizasyon yollarını belirlemek için bir dizi biyoinformatik yöntem uygulandı ve bir protein-protein etkileşimi (PPI) ağı oluşturuldu. Ağırlıklı gen eş ekspresyonu ağ analizi (WGCNA), gen eş ekspresyonu ve farklı LBD alt tipleri arasındaki ilişkiyi daha fazla araştırmak için kullanılmıştır. PDD ve DLB ile güçlü bir şekilde ilişkili olan Hub genleri, DEG'lerin kesişiminden elde edildi ve WGCNA tarafından modüller seçildi.SonuçlarPDD ve DLB arasında toplam 1.864 DEG, çevrimiçi analiz aracı GEO2R tarafından filtrelendi. En önemli GO ve KEGG zenginleştirilmiş terimlerin, vezikül lokalizasyonunun kurulmasında ve nörodejenerasyon-çoklu hastalıkların yollarında yer aldığını bulduk. PDD grubunda gliserolipid metabolizması ve viral miyokardit zenginleştirildi. Bir B hücreli reseptör sinyalleme yolu ve folat ile bir karbon havuzu, GSEA'dan elde edilen sonuçlarda DLB ile ilişkiliydi. WGCNA analizimizde renklere göre belirlediğimiz birkaç eş eksprese edilmiş gen kümesi bulduk. Ayrıca, PDD ile önemli ölçüde ilişkili olan SNAP25, GRIN2A, GABRG2, GABRA1, GRIA1, SLC17A6 ve SYN1 olmak üzere yedi adet upregüle gen belirledik.KonfüzyonYedi göbek geni ve belirlediğimiz sinyal yolları PDDD ve DLB'nin heterojen patogenezine dahil olabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
ObjectiveDementia with Lewy bodies (DLB) and Parkinson's disease dementia (PDD) are collectively known as Lewy body dementia (LBD). Considering the heterogeneous nature of LBD and the different constellations of symptoms with which patients can present, the exact molecular mechanism underlying the differences between these two isoforms is still unknown. Therefore, this study aimed to explore the biomarkers and potential mechanisms that distinguish between PDD and DLB.MethodsThe mRNA expression profile dataset of GSE150696 was acquired from the Gene Expression Omnibus (GEO) database. Differentially expressed genes (DEGs) between 12 DLB and 12 PDD were identified from Brodmann area 9 of human postmortem brains using GEO2R. A series of bioinformatics methods were applied to identify the potential signaling pathways involved, and a protein-protein interaction (PPI) network was constructed. Weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) was used to further investigate the relationship between gene co-expression and different LBD subtypes. Hub genes that are strongly associated with PDD and DLB were obtained from the intersection of DEGs and selected modules by WGCNA.ResultsA total of 1,864 DEGs between PDD and DLB were filtered by the online analysis tool GEO2R. We found that the most significant GO- and KEGG-enriched terms are involved in the establishment of the vesicle localization and pathways of neurodegeneration-multiple diseases. Glycerolipid metabolism and viral myocarditis were enriched in the PDD group. A B-cell receptor signaling pathway and one carbon pool by folate correlated with DLB in the results obtained from the GSEA. We found several clusters of co-expressed genes which we designated by colors in our WGCNA analysis. Furthermore, we identified seven upregulated genes, namely, SNAP25, GRIN2A, GABRG2, GABRA1, GRIA1, SLC17A6, and SYN1, which are significantly correlated with PDD.ConclusionThe seven hub genes and the signaling pathways we identified may be involved in the heterogeneous pathogenesis of PDD and DLB.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.