NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Alzheimer hastalığı (AD) küresel olarak en yaygın demans bozukluğudur ve altta yatan patojenik mekanizmaları yavaşlatmak veya durdurmak için hala etkili bir müdahale yoktur. Semptom ortaya çıkışı sırasında ve öncesinde AD beyninde gözlenen progresif nörodejenerasyonda nöral oksidatif stres (OS) ve sonrasında nöroinflamasyonun dahil edildiğine dair güçlü kanıtlar vardır. Bu nedenle, OS ile ilgili biyobelirteçler prognoz için değerli olabilir ve erken presemptomatik faz sırasında terapötik hedeflere ipuçları sağlayabilir. Mevcut çalışmada, AD hastalarının beyin RNA-seq verilerini topladık ve diferansiyel olarak ifade edilen OS ile ilişkili genleri (OSRG'leri) tanımlamak için Gene Expression Omnibus'un (GEO) kontrollerini eşleştirdik. Bu OSRG'ler, Gen Ontolojisi (GO) veritabanı kullanılarak hücresel işlevler için analiz edildi ve ağırlıklı bir gen eş-ifade ağı (WGCN) ve protein-protein etkileşimi (PPI) ağı oluşturmak için kullanıldı. Alıcı işletim karakteristiği (ROC) eğrileri daha sonra ağ hub genlerini tanımlamak için inşa edildi. En Az Mutlak Daralan ve Seçim Operatörü (LASSO) ve ROC analizleri kullanılarak bu merkez genlerine dayalı bir teşhis modeli oluşturulmuştur. Bağışıklıkla ilişkili fonksiyonlar, hub gen ekspresyonu ile bağışıklık hücresi beyin sızması skorları arasındaki korelasyonları değerlendirerek incelendi. Ayrıca, uyuşturucu-gen etkileşimi veritabanı kullanılarak hedef ilaçlar tahmin edilirken, düzenleyici miRNA'lar ve transkripsiyon faktörleri miRNet kullanılarak tahmin edildi. Toplamda 11046 farklı şekilde ifade edilen gen, WGCN modüllerinde 7098 gen ve 446 OSRG arasında 156 aday gen, ROC eğri analizinde ise 5 hub geni (MAPK9, FOXO1, BCL2, ETS1 ve SP1) tanımlanmıştır. Bu hub genleri GO ek açıklamalarında "Alzheimer hastalığı yolu", "Parkinson Hastalığı", "Ribozom" ve "Kronik miyeloid lösemi" olarak zenginleştirildi. Buna ek olarak, 78 ilacın fluorourasil, siklofosfamid ve epirubicin de dahil olmak üzere FOXO1, SP1, MAPK9 ve BCL2'yi hedef alacağı tahmin edildi. 43 miRNA'lı bir hub gen-miRNA düzenleyici ağı ve 36 TF'li hub gen transkripsiyon faktörü (TF) ağı da oluşturuldu. Bu hub genleri AD tanısı için biyobelirteçler olarak hizmet edebilir ve yeni potansiyel tedavi hedeflerine dair ipuçları sağlayabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
Alzheimer's disease (AD) is the most prevalent dementia disorder globally, and there are still no effective interventions for slowing or stopping the underlying pathogenic mechanisms. There is strong evidence implicating neural oxidative stress (OS) and ensuing neuroinflammation in the progressive neurodegeneration observed in the AD brain both during and prior to symptom emergence. Thus, OS-related biomarkers may be valuable for prognosis and provide clues to therapeutic targets during the early presymptomatic phase. In the current study, we gathered brain RNA-seq data of AD patients and matched controls from the Gene Expression Omnibus (GEO) to identify differentially expressed OS-related genes (OSRGs). These OSRGs were analyzed for cellular functions using the Gene Ontology (GO) database and used to construct a weighted gene co-expression network (WGCN) and protein-protein interaction (PPI) network. Receiver operating characteristic (ROC) curves were then constructed to identify network hub genes. A diagnostic model was established based on these hub genes using Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) and ROC analyses. Immune-related functions were examined by assessing correlations between hub gene expression and immune cell brain infiltration scores. Further, target drugs were predicted using the Drug-Gene Interaction database, while regulatory miRNAs and transcription factors were predicted using miRNet. In total, 156 candidate genes were identified among 11046 differentially expressed genes, 7098 genes in WGCN modules, and 446 OSRGs, and 5 hub genes (MAPK9, FOXO1, BCL2, ETS1, and SP1) were identified by ROC curve analyses. These hub genes were enriched in GO annotations "Alzheimer's disease pathway," "Parkinson's Disease," "Ribosome," and "Chronic myeloid leukemia." In addition, 78 drugs were predicted to target FOXO1, SP1, MAPK9, and BCL2, including fluorouracil, cyclophosphamide, and epirubicin. A hub gene-miRNA regulatory network with 43 miRNAs and hub gene-transcription factor (TF) network with 36 TFs were also generated. These hub genes may serve as biomarkers for AD diagnosis and provide clues to novel potential treatment targets.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.