NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Parkinson hastalığı (PD), etiyolojisi Lewy cisimlerinin gelişimi ve substantia nigra (SN) 'de dopaminerjik nöronların dejenerasyonuna atfedilen ilerici bir nörodejeneratif hastalıktır. Şu anda, PD için kesin bir teşhis göstergesi yoktur. Bu çalışmada, PD için potansiyel tanısal biyobelirteçleri belirlemeyi amaçladık ve bağışıklık hücresi sızmalarının hastalık patogenezine olan etkisini analiz ettik. İnsan SN dokusu için PD ekspresyon profil verileri, GSE7621, GSE20141, GSE20159, GSE20163 ve GSE20164 eğitim modelinde kullanılmak üzere Gene Expression Omnibus (GEO) veritabanından indirildi. Normalleşme ve birleşmeden sonra, Sağlam rütbe toplama (RRA) analizini kullanarak diferansiyel olarak ifade edilen genleri (DEG'ler) tanımladık. Eşzamanlı olarak, toplu düzeltme sonrası DEG'ler tespit edildi. Gen etkileşimleri venn Diyagram analizi ile belirlendi. Fonksiyonel analizler ve protein-protein etkileşimi (PPI) ağları, Cytoscape aracılığıyla görselleştirilen hub genlerini tanımlamak için kullanıldı. Lasso Cox regresyon modeli, potansiyel tanısal genleri tanımlamak için kullanıldı. GSE20292 veri kümesi doğrulama için kullanıldı. Örneklerdeki bağışıklık hücrelerinin sızma oranı CIBERSORT yöntemi ile tespit edilmiştir. Bu çalışmada altmış iki DEG görüntülenmiştir. Sinir iletimi, dopamin (DA) metabolizması ve DA biyosentez gen ontolojisi (GO) terimlerinde zenginleştirildikleri bulundu. PPI ağı ve Lasso Cox regresyon analizi, yedi potansiyel tanı genini ortaya çıkardı: SLC18A2, TAC1, PCDH8, KIAA0319, PDE6H, AXIN1 ve AGTR1, daha sonra sağlıklı kontrol (HC) ve PD hastalarından elde edilen periferik kan örneklerinde ve GSE20292 veri kümesinde doğrulandı. Sonuçlar, bu genlerin PD tanısı ve izlenmesindeki istisnai duyarlılığını ve özgüllüğünü ortaya koydu. Dahası, PD hastaları HC bireylere kıyasla daha yüksek sayıda plazma hücresi sergilediler. SLC18A2, TAC1, PCDH8, KIAA0319, PDE6H, AXIN1 ve AGTR1, PD için potansiyel tanısal biyobelirteçlerdir. Bulgularımız aynı zamanda bağışıklık hücresi infiltrasyonunun hem hastalık başlangıcı hem de yörüngedeki temel rollerini ortaya koymaktadır.
Özgün kaynak özetini okuyun
Parkinson's disease (PD) is a progressive neurodegenerative disease whose etiology is attributed to development of Lewy bodies and degeneration of dopaminergic neurons in the substantia nigra (SN). Currently, there are no definitive diagnostic indicators for PD. In this study, we aimed to identify potential diagnostic biomarkers for PD and analyzed the impact of immune cell infiltrations on disease pathogenesis. The PD expression profile data for human SN tissue, GSE7621, GSE20141, GSE20159, GSE20163 and GSE20164 were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database for use in the training model. After normalization and merging, we identified differentially expressed genes (DEGs) using the Robust rank aggregation (RRA) analysis. Simultaneously, DEGs after batch correction were identified. Gene interactions were determined through venn Diagram analysis. Functional analyses and protein-protein interaction (PPI) networks were used to the identify hub genes, which were visualized through Cytoscape. A Lasso Cox regression model was employed to identify the potential diagnostic genes. The GSE20292 dataset was used for validation. The proportion of infiltrating immune cells in the samples were determined via the CIBERSORT method. Sixty-two DEGs were screened in this study. They were found to be enriched in nerve conduction, dopamine (DA) metabolism, and DA biosynthesis Gene Ontology (GO) terms. The PPI network and Lasso Cox regression analysis revealed seven potential diagnostic genes, namely SLC18A2, TAC1, PCDH8, KIAA0319, PDE6H, AXIN1, and AGTR1, were subsequently validated in peripheral blood samples obtained from healthy control (HC) and PD patients, as well as in the GSE20292 dataset. The results revealed the exceptional sensitivity and specificity of these genes in PD diagnosis and monitoring. Moreover, PD patients exhibited a higher number of plasma cells, compared to HC individuals. The SLC18A2, TAC1, PCDH8, KIAA0319, PDE6H, AXIN1, and AGTR1 are potential diagnostic biomarkers for PD. Our findings also reveal the essential roles of immune cell infiltration in both disease onset and trajectory.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.