NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Hedef kitlelerinin tanımlanması, miRNA'ların pleiotropik etkisi, miRNA'ların bireysel hedefler üzerindeki sınırlı etkileri ve tahmini miRNA-hedef gen etkileşimlerinin (MTI'lar) sayısı, yani 44.571.700 civarında olduğu göz önüne alındığında bir meydan okuma olmaya devam etmektedir. Şu anda, tek miRNA'lar için hedef belirleme, daha az sayıda hedefi kapsayan hesaplamalı kanıtlara ve fonksiyonel çalışmalara dayanmaktadır. Hedef analizinin fonksiyonel tahlillerle deneysel olarak doğrulanabilmesini sağlamak için sistematik bir yaklaşım uyguladık ve her ikisi de daha önce Parkinson hastalığı (PD) ile ilişkili olan 410 öngörülen hedef geni analiz ederek dört miRNA'nın (miR-129-5p, miR-129-1-3p, miR-133b ve miR-873-5p) hedef noktalarını araştırdık. 13.536 transfeksiyon gerçekleştirdikten sonra, çift lusiferaz muhabir tahlilleri yoluyla 705 putatif MTI'nin (%62,7) 442'sini doğruladık. Bu analizler, doğrulanmış MTI sayısını miR-133b için en az 2.1 kat ve miR-873-5p için en fazla 24.3 kat artırdı. Çalışmamız, i) deneysel olarak doğrulanmış MTI'ların öngörülen MTI'lara oranı, ii) hastalığa bağlı miRNA targetome'lerin boyutları ve iii) MTI ağlarının yoğunluğu ile miRNA targetome'lerinin deneysel olarak yakalanmasına katkıda bulunur. MTI düzeyindeki analizleri desteklemek için bir web hizmeti çevrimiçi olarak mevcuttur (https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/utr-seremato ) ve tüm veriler miRATBAse veritabanına ( https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/miratbase ) eklenmiştir.
Özgün kaynak özetini okuyun
The identification of targetomes remains a challenge given the pleiotropic effect of miRNAs, the limited effects of miRNAs on individual targets, and the sheer number of estimated miRNA-target gene interactions (MTIs), which is around 44,571,700. Currently, targetome identification for single miRNAs relies on computational evidence and functional studies covering smaller numbers of targets. To ensure that the targetome analysis could be experimentally verified by functional assays, we employed a systematic approach and explored the targetomes of four miRNAs (miR-129-5p, miR-129-1-3p, miR-133b, and miR-873-5p) by analyzing 410 predicted target genes, both of which were previously associated with Parkinson's disease (PD). After performing 13,536 transfections, we validated 442 of the 705 putative MTIs (62,7%) through dual luciferase reporter assays. These analyses increased the number of validated MTIs by at least 2.1-fold for miR-133b and by a maximum of 24.3-fold for miR-873-5p. Our study contributes to the experimental capture of miRNA targetomes by addressing i) the ratio of experimentally verified MTIs to predicted MTIs, ii) the sizes of disease-related miRNA targetomes, and iii) the density of MTI networks. A web service to support the analyses on the MTI level is available online ( https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/utr-seremato ), and all the data have been added to the miRATBase database ( https://ccb-web.cs.uni-saarland.de/miratbase ).
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.