NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Kan bazlı gen ekspresyon imzaları potansiyel olarak PD için biyobelirteç olarak kullanılabilir. Bununla birlikte, genetik olarak düzenlenmiş transkriptomik imzaların PD biyobelirteçleri olarak kullanılmak üzere yeni gen adayları sağlayabileceği belirsizdir. Üç büyük ölçekli PD GWAS'ın özet istatistiklerini kullanarak tüm kan transkriptomik ifadesini empoze etmek için Genotype-Tissue Expression (GTEx) veritabanından yararlandık. Vakalar ve kontroller arasında ayrım yapmak için konsensüs tam kan empoze edilmiş gen imzası (IGS) ile rastgele bir orman sınıflandırması kullanılmıştır. Sonuç önlemleri Alıcı İşletim Karakteristik (ROC) Eğrisinin Eğrisi (AUC) Altındaki Alanı içeriyordu. IGS'nin (n = 37 gen) PD GWAS çalışmaları ve beyin dokuları arasında korunduğunu gösterdik. IGS, bağımsız bir tam kan RNA dizilimi çalışmasında (1176 PD, 254 prodromal ve 860 sağlıklı kontrol) ortalama AUC ve PD kohortu için %64,8 ve %69,4 doğruluk ile vakalar ve kontroller arasında ayrım yaptı ve prodromal kohort için %78,8 ve %74. PATL2, hem PD hem de prodromal PD kohortlarında sınıflandırıcı performansı biyolojik cinsiyetle değişen en iyi performans gösteren empoze edilmiş gendi (sırasıyla PD ve prodromal PD'de erkekler ve kadınlar için daha yüksek performans). Sağlıklı insan ve PD hastalarının tek hücreli RNA dizilim çalışmaları (scRNA-seq) PATL2'nin terminal efektör CD8+ ve sitotoksik CD4+ hücrelerinde zenginleştiğini buldu, bunların oranları PD hastalarında her ikisi de arttı. GWAS transkriptomik impütasyonun yararını, PD biyobelirteç türevi için kaldırılabilecek yeni tam kan transkriptomik imzaların tanımlanmasında gösterdik. PATL2'yi hem klinik hem de prodromik PD'de potansiyel bir biyobelirteç olarak belirledik.
Özgün kaynak özetini okuyun
Blood-based gene expression signatures could potentially be used as biomarkers for PD. However, it is unclear whether genetically-regulated transcriptomic signatures can provide novel gene candidates for use as PD biomarkers. We leveraged on the Genotype-Tissue Expression (GTEx) database to impute whole-blood transcriptomic expression using summary statistics of three large-scale PD GWAS. A random forest classifier was used with the consensus whole-blood imputed gene signature (IGS) to discriminate between cases and controls. Outcome measures included Area under the Curve (AUC) of Receiver Operating Characteristic (ROC) Curve. We demonstrated that the IGS (n = 37 genes) is conserved across PD GWAS studies and brain tissues. IGS discriminated between cases and controls in an independent whole-blood RNA-sequencing study (1176 PD, 254 prodromal, and 860 healthy controls) with mean AUC and accuracy of 64.8% and 69.4% for PD cohort, and 78.8% and 74% for prodromal cohort. PATL2 was the top-performing imputed gene in both PD and prodromal PD cohorts, whose classifier performance varied with biological sex (higher performance for males and females in the PD and prodromal PD, respectively). Single-cell RNA-sequencing studies (scRNA-seq) of healthy humans and PD patients found PATL2 to be enriched in terminal effector CD8+ and cytotoxic CD4+ cells, whose proportions are both increased in PD patients. We demonstrated the utility of GWAS transcriptomic imputation in identifying novel whole-blood transcriptomic signatures which could be leveraged upon for PD biomarker derivation. We identified PATL2 as a potential biomarker in both clinical and prodromic PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.