NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc0
Kimyasallara karşı genetik duyarlılık eksik olarak karakterize edilir. Bununla birlikte, pestisit maruziyetinin ardından sinir sistemi hastalığı gelişimi bir popülasyonda değişebilir, bu da bazı bireylerin pestisit kaynaklı sinir sistemi hastalığına daha yüksek genetik yatkınlığa sahip olabileceğini ima eder.ObjectivesWe, kimyasal olarak indüklenmiş yan sonuçlara dahil olan tek nükleotidli polimorfizmleri (SNP'ler) karakterize etmek için hesaplamalı bir yaklaşım geliştirmeyi amaçladı ve bu çerçeveyi, pestisitlere ve insan sinir sistemi hastalığına diferansiyel popülasyon pestisitleri arasındaki bağlantıyı değerlendirmek için kullandı. Bir vaka çalışması olarak, bu bağlantıları 1992'den 2018'e kadar ABD için uzamsal pestisit uygulama verileri ve 2018 için uzamsal sinir sistemi hastalık oranları ile entegre ettik. Bu sayede, biz orada kullanılan pestisit dayalı yüksek hastalık oluşumu olan eyaletlerde önemli olabilir SNP karakterize.SonuçlarBiz ABD eyaletlerinde pestisit başına SNP isabet sayısı pozitif Alzheimer hastalığı, Parkinson hastalığı ve multipl skleroz için hastalık insidansı ve prevalansı ile ilişkili bulundu. Yüksek ve düşük hastalık oluşumuna sahip eyaletlerde zaman içinde kullanılan pestisitleri ayırt etmek için sık sık iteset madenciliği yaptık ve pestisit setlerinin sadece %19'unun yüksek hastalık oluşumuna sahip 10 eyalet ile düşük hastalık oluşma oranlarına sahip 10 eyalet arasında örtüştüğünü ve yüksek hastalık oluşum durumlarında daha fazla SNP'nin yollara karıştığını gördük. Beş yüksek ve düşük hastalık oluşum durumunun alt kümelerinin çapraz doğrulanması yoluyla, yüksek hastalık oluşum durumlarında daha sık dahil edilen SNP'leri, genleri, yolları ve pestisitleri karakterize ettik.Bulgularımız pestisitlerin sinir sistemi hastalığına katkıda bulunduğunu destekliyor ve daha fazla çalışma için SNP'lerin, pestisitlerin ve yolların öncelikli listelerini geliştirdik. Bu veri odaklı yaklaşım, kimyasal maruziyetlere karşı diferansiyel popülasyon duyarlılığını karakterize etmek için diğer kimyasallara, hastalıklara ve yerlere uyarlanabilir. https://doi.org/10.1289/EHP14108.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundGenetic susceptibility to chemicals is incompletely characterized. However, nervous system disease development following pesticide exposure can vary in a population, implying some individuals may have higher genetic susceptibility to pesticide-induced nervous system disease.ObjectivesWe aimed to build a computational approach to characterize single-nucleotide polymorphisms (SNPs) implicated in chemically induced adverse outcomes and used this framework to assess the link between differential population susceptibility to pesticides and human nervous system disease.MethodsWe integrated publicly available datasets of Chemical-Gene, Gene-Pathway, and SNP-Disease associations to build Chemical-Pathway-Gene-SNP-Disease linkages for humans. As a case study, we integrated these linkages with spatialized pesticide application data for the US from 1992 to 2018 and spatialized nervous system disease rates for 2018. Through this, we characterized SNPs that may be important in states with high disease occurrence based on the pesticides used there.ResultsWe found that the number of SNP hits per pesticide in US states positively correlated with disease incidence and prevalence for Alzheimer's disease, Parkinson disease, and multiple sclerosis. We performed frequent itemset mining to differentiate pesticides used over time in states with high and low disease occurrence and found that only 19% of pesticide sets overlapped between 10 states with high disease occurrence and 10 states with low disease occurrence rates, and more SNPs were implicated in pathways in high disease occurrence states. Through a cross-validation of subsets of five high and low disease occurrence states, we characterized SNPs, genes, pathways, and pesticides more frequently implicated in high disease occurrence states.DiscussionOur findings support that pesticides contribute to nervous system disease, and we developed priority lists of SNPs, pesticides, and pathways for further study. This data-driven approach can be adapted to other chemicals, diseases, and locations to characterize differential population susceptibility to chemical exposures. https://doi.org/10.1289/EHP14108.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.