NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
BackgroundNow, Alzheimer hastalığını (AD) ve komorbid Parkinson hastalığını (PD) iyileştirmek için hassas biyobelirteçler yoktur. Bu çalışmanın amacı, AD ve PD hastalarından beyin dokusundaki diferansiyel olarak ifade edilen genleri (DEG'ler) biyoinformatik analiz yoluyla analiz etmek ve AD ve komorbid PD için kesin tanı ve terapötik hedefleri araştırmaktı. NCBI'deki GEO'dan MethodsGFE122063 ve GSE7621 veri setleri, AD ve PD için diferansiyel olarak ifade edilen genleri (DEG'ler) taramak ve sırasıyla kesişmiş genleri tanımlamak için kullanıldı. Kesitli genler, Gen Ontolojisi (GO) analizi ve Kyoto Genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KEGG) analizi ile analiz edildi. Daha sonra, STRING sitesi ve Cytoscape, bir protein protein-protein etkileşimi (PPI) ağı, merkeziliği analiz etmek ve değerlendirmek için CytoNCA algoritması, modülü analiz etmek için Mcode plug-in ve anahtar genleri görüntülemek için Cytohubba oluşturmak için kullanıldı. AD'deki anahtar geni PD ile karmaşık hale getirmek için Cytoscape algoritması ile birleşik GO-KEG zenginleştirme analizi. Ardından, AD ve PD için DEG'ler, en iyi 10 küçük molekül ilacını taramak için Dernek Haritası (CMap) çevrimiçi platformuna aktarıldı ve küçük molekül ilaçları ve anahtar gen reseptörleri arasındaki etkileşimleri değerlendirmek için moleküler kenetlenme teknikleri kullanıldı.Sonuçlar Toplamda, 231 adet yukarı düzenlenmiş gen ve 300 adet aşağı düzenlenmiş gen tespit edildi. GO analizi, DEG'lerin sinyal transdüksiyonunda oldukça zenginleştiğini ortaya koydu ve KEGG analizi, DEG'lerin MAPK ve PI3K-Akt sinyal yolları ile ilişkili olduğunu ortaya koydu. Epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR), AD ve komorbid PD'de potansiyel bir reseptör geni olarak tanımlandı. EGFR hem AD hem de PD olarak düzenlenmiştir ve EGFR ile etkileşime giren proteinler Ras/Raf/MAPK ve PI3K/Akt sinyal yollarında zenginleştirilmiştir. Semagacestat, AD'nin PD ile karmaşık tedavisi için terapötik potansiyele sahip bir ilaç olarak tanımlandı. Semagacestat ve EGFRNTD arasında, yedi hidrojen bağı ve bir hidrofobik bağ ile yüksek bir bağlanma afinitesi vardı.DiscussionSemagacestat, AD ile komplike olan hastaların sağlığını, EGFR tarafından Ras/Raf/MAPK ve PI3K/Akt sinyal yollarının düzenlenmesi yoluyla iyileştirebilir ve semagacestat'ın yapısal modifikasyonunu destekleyen kanıtlar sağlayarak, AD ile PD'nin daha etkili bir ilaç geliştirmek için kullanılabilir.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundNow, there are no sensitive biomarkers for improving Alzheimer's disease (AD) and comorbid Parkinson's disease (PD). The aim of the present study was to analyze differentially expressed genes (DEGs) in brain tissue from AD and PD patients via bioinformatics analysis, as well as to explore precise diagnostic and therapeutic targets for AD and comorbid PD.MethodsGFE122063 and GSE7621 data sets from GEO in NCBI, were used to screen differentially expressed genes (DEGs) for AD and PD, and identify the intersected genes, respectively. Intersected genes were analyzed by Gene Ontology (GO) analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) analysis. Then, STRING site and Cytoscape were used to construct a protein-protein interaction (PPI) network, CytoNCA algorithm to analyze and evaluate centrality, Mcode plug-in to analyze module, and Cytohubba to screen key genes. Combined GO-KEGG enrichment analysis with Cytoscape algorithm to screen the key gene in AD complicated with PD. Then, the DEGs for AD and PD were imported into the Association Map (CMap) online platform to screen out the top 10 small molecule drugs, and using molecular docking techniques to evaluate the interactions between small molecule drugs and key genes receptors.ResultsIn total, 231 upregulated genes and 300 downregulated genes were identified. GO analysis revealed that the DEGs were highly enriched in signal transduction, and KEGG analysis revealed that the DEGs were associated with the MAPK and PI3K-Akt signaling pathways. Epidermal growth factor receptor (EGFR) was identified as a potential receptor gene in AD and comorbid PD. EGFR was upregulated in both AD and PD, and the proteins that interact with EGFR were enriched in the Ras/Raf/MAPK and PI3K/Akt signaling pathways. Semagacestat was identified as a drug with therapeutic potential for treating AD complicated with PD. There was a high binding affinity between semagacestat and EGFRNTD, with seven hydrogen bonds and one hydrophobic bond.DiscussionSemagacestat may improve the health of patients with AD complicated with PD through the regulation of the Ras/Raf/MAPK and PI3K/Akt signaling pathways by EGFR, providing evidence supporting the structural modification of semagacestat to develop a more effective drug for treating AD complicated with PD.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.