NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
BackgroundProgressive supranükleer palsi (PSP), paylaşılan semptomlar nedeniyle sıklıkla Parkinson Hastalığı (PD) olarak yanlış teşhis edilen bir nörodejeneratif bozukluktur. PSP, tau proteininin belirli beyin bölgelerinde birikmesiyle karakterize edilir ve denge kaybına, bakış bozukluğuna ve bunamaya yol açar. PSP'nin teşhisi zordur ve güvenilir biyobelirteçlere önemli bir talep vardır. Beyin omurilik sıvısındaki (CSF) tau protein ve nörofilament ışık zinciri (NfL) seviyeleri de dahil olmak üzere mevcut biyobelirteçler, PSP'yi diğer nörodejeneratif bozukluklardan ayırt etmede tutarsızlıklar göstermektedir. Bu nedenle, PSP için yeni biyobelirteçlerin geliştirilmesi zorunludur.MethodsBiz 40 PSP hasta, 40 PD hasta ve 40 sağlıklı kontroller (HC) tandem kitle etiketi tabanlı niceleme kullanılarak CSF örneklerinin kapsamlı bir proteome analizi yaptı. 120 CSF örneğinin kütle spektrometrisi analizi, parti etkilerini azaltmak için veri normalizasyonu ile birlikte, 11-pleks TMT deneyinden oluşan 13 grup boyunca gerçekleştirildi. Pathway, interaktom, hücre tipine özgü zenginleştirme ve bootstrap alıcısı karakteristik analizler yaparak anahtar aday biyobelirteçleri tespit etti.SonuçlarToplam 3.653 benzersiz protein tanımladık. Analizlerimiz, PSP'ye kıyasla 190, 152 ve 247 farklı şekilde ifade edilen proteinleri ortaya koydu. HC, PSP vs. PD, PSP vs. sırasıyla PD ve HC. PSP CSF'deki diferansiyel olarak ifade edilen proteinlerin gen küme zenginleştirme ve etkileşim analizi, hücre yapışması, kolesterol metabolizması ve glikan biyosentezi ile ilişkili olduklarını gösterdi. Hücre tipi zenginleştirme analizi, diferansiyel olarak ifade edilen proteinler arasında nöronal türevli proteinlerin baskınlığını gösterdi. Potansiyel biyobelirteç sınıflandırma performansı, ATP6AP2 (PSP'de azaltılmış) en yüksek AUC (0.922) olduğunu, ardından NEFM, EFEMP2, LAMP2, CHST12, FAT2, B4GALT1, LCAT, CBLN3, FSTL5, ATP6AP1 ve GGH.ConclusionBiomarker aday proteinlerini ATP6AP2, NEFM1, CHIL3 anahtar proteinleri olarak tanımladı. Bu çalışma, onu Parkinson hastalığından (PD) ve sağlıklı kontrollerden ayırt edebilen progresif supranükleer palsiye (PSP) özgü beyin omurilik sıvısı (CSF) biyobelirteçlerini tanımlamak için kütle spektrometrisine dayalı proteom analizinin ilk büyük ölçekli kullanımını temsil etmektedir. Bulgularımız, teşhis doğruluğunu artıracak ve PSP'nin erken tespitini kolaylaştıracak güvenilir biyobelirteçlerin geliştirilmesi ve onaylanması için çok önemli bir temel oluşturdu.
Özgün kaynak özetini okuyun
BackgroundProgressive supranuclear palsy (PSP) is a neurodegenerative disorder often misdiagnosed as Parkinson's Disease (PD) due to shared symptoms. PSP is characterized by the accumulation of tau protein in specific brain regions, leading to loss of balance, gaze impairment, and dementia. Diagnosing PSP is challenging, and there is a significant demand for reliable biomarkers. Existing biomarkers, including tau protein and neurofilament light chain (NfL) levels in cerebrospinal fluid (CSF), show inconsistencies in distinguishing PSP from other neurodegenerative disorders. Therefore, the development of new biomarkers for PSP is imperative.MethodsWe conducted an extensive proteome analysis of CSF samples from 40 PSP patients, 40 PD patients, and 40 healthy controls (HC) using tandem mass tag-based quantification. Mass spectrometry analysis of 120 CSF samples was performed across 13 batches of 11-plex TMT experiments, with data normalization to reduce batch effects. Pathway, interactome, cell-type-specific enrichment, and bootstrap receiver operating characteristic analyses were performed to identify key candidate biomarkers.ResultsWe identified a total of 3,653 unique proteins. Our analysis revealed 190, 152, and 247 differentially expressed proteins in comparisons of PSP vs. HC, PSP vs. PD, and PSP vs. both PD and HC, respectively. Gene set enrichment and interactome analysis of the differentially expressed proteins in PSP CSF showed their involvement in cell adhesion, cholesterol metabolism, and glycan biosynthesis. Cell-type enrichment analysis indicated a predominance of neuronally-derived proteins among the differentially expressed proteins. The potential biomarker classification performance demonstrated that ATP6AP2 (reduced in PSP) had the highest AUC (0.922), followed by NEFM, EFEMP2, LAMP2, CHST12, FAT2, B4GALT1, LCAT, CBLN3, FSTL5, ATP6AP1, and GGH.ConclusionBiomarker candidate proteins ATP6AP2, NEFM, and CHI3L1 were identified as key differentiators of PSP from the other groups. This study represents the first large-scale use of mass spectrometry-based proteome analysis to identify cerebrospinal fluid (CSF) biomarkers specific to progressive supranuclear palsy (PSP) that can differentiate it from Parkinson's disease (PD) and healthy controls. Our findings lay a crucial foundation for the development and validation of reliable biomarkers, which will enhance diagnostic accuracy and facilitate early detection of PSP.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.