NeuralCipher Araştırma özeti
Kaynak özetin Türkçe makine çevirisi. Klinik kullanım öncesinde özgün yayınla karşılaştırılmalı; hekim incelemesi değildir. cc by
Plazma membranlarının temel yapısal bileşeni ve birçok fonksiyonel bileşiğin ve sinyal moleküllerinin öncüsü olmasının yanı sıra, kolesterolün Parkinson hastalığının (PD) etiyolojisi ve / veya tezahüründe rol oynaması da önerildi. Bununla birlikte, şimdiye kadar PD etiyolojisi için beyinde bulunan kolesterol ve metabolitlerinin rolüne ilişkin sistematik araştırmalar eksiktir. Burada, PD ile SNP'lerin beyindeki kolesterolün bozulması için kritik öneme sahip dört sitokrom P450 (P450), CYP46A1, CYP39A1, CYP27A1 ve CYP7B1 genlerindeki ilişkisini ilk kez araştırıyoruz. PPMI veri tabanından 1.349 bireyi analiz ederek, idiyopatik PD (IPD) hastalarında önemli ölçüde fazla veya az temsil edilen bu dört gende 24 SNP bulduk. 362 IPD hastasının her birini bireysel olarak inceleyerek, çoğu hastanın (% 45), dört P450 geninden birinde yalnızca bir ilişkili SNP gösterdiğini,% 31'inin iki ilişkili SNP ve% 18'inin ilişkili SNP gösterdiğini tespit ettik. Bazı ilişkili SNP'lerin oluşumu GBA'daki (beta-glukocerebrosidaz) SNP'lerle aynı büyüklüktedir ve bu nedenle PD için genetik bir yatkınlığı yansıtabilir. 24 SNP'nin tamamı intronlarda ve 3' çevrilmemiş bölgelerde bulunduğundan, Parkinson Hastalığı için Temel Veri Girişimi'nden (FOUNDIN-PD) transkriptom ve epigenom verilerini kullanarak çevredeki genomik bölgelerin olası düzenleyici etkisini değerlendirdik. FOUNDIN-PD, PPMI çalışmasında insanlardan türetilen dopaminerjik (DA) nöronlara farklılaştırılmış 89 indüklenmiş pluripotent kök hücre (iPSC) çizgisinde gen ekspresyonu, açık kromatin ve DNA metilasyon verileri sağlar. Gerçekten de, 24 SNP'den ikisi, biri CYP7B1 (rs118111353) ve diğeri CYP27A1 (rs74446825)'de, farklılaşmış nöronlarda açık kromatin bir bölge içinde lokalize edildi. İlginç bir şekilde, rs118111353'te açık kromatinli tüm iPSC çizgileri referans alelini gösterdi. Dört P450, CYP46A1, CYP39A1, CYP27A1 ve CYP7B1 dopaminerjik nöronlarda ifade edildiğinden, düzenleyici bölgelerdeki SNP'leri gen ekspresyon seviyeleriyle bağlamak için daha fazla fonksiyonel çalışmayı tartışıyoruz. Son olarak, araştırılan dört P450'deki SNP'li hastaların kişiselleştirilmiş terapötik tedavisi için potansiyel olasılıklar tartışılmaktadır.
Özgün kaynak özetini okuyun
Besides being an essential structural component of plasma membranes and the precursor of many functional compounds and signaling molecules, cholesterol was also proposed to play a role in the etiology and/or manifestation of Parkinson's disease (PD). However, so far systematic investigations on the role of cholesterol and its metabolites present in the brain for the etiology of PD are missing. Here, we investigate for the first time the association of PD with SNPs in the genes of four cytochromes P450 (P450), CYP46A1, CYP39A1, CYP27A1 and CYP7B1, which are critical for the degradation of cholesterol in the brain. Analyzing 1,349 individuals from the PPMI data base, we found 24 SNPs in these four genes, which are significantly over- or under-represented in patients suffering from idiopathic PD (IPD). Studying each of the 362 IPD patients individually, we found that most patients (45%) showed only one associated SNP in one of the four P450 genes, while 31% displayed two associated SNPs and 18% three associated SNPs. The occurrence of some associated SNPs is in the same order of magnitude as SNPs in the GBA (beta-glucocerebrosidase) and thus might reflect a genetic predisposition for PD. As all 24 SNPs were located in introns and 3' untranslated regions, we evaluated the prospective regulatory impact of the surrounding genomic regions by using transcriptome and epigenome data from the Foundational Data Initiative for Parkinson Disease (FOUNDIN-PD). FOUNDIN-PD provides gene expression, open chromatin and DNA methylation data in a cohort of 89 induced pluripotent stem cell (iPSC) lines differentiated to dopaminergic (DA) neurons derived from people in the PPMI study. Indeed, two of the 24 SNPs, one in CYP7B1 (rs118111353) and the other one in CYP27A1 (rs74446825), were localized within a region of open chromatin in differentiated neurons. Interestingly, all iPSC lines with open chromatin in rs118111353 showed the reference allele. As all four P450, CYP46A1, CYP39A1, CYP27A1 and CYP7B1, are expressed in dopaminergic neurons, we discuss further functional studies to connect SNPs in regulatory regions with gene expression levels. Finally, potential possibilities for personalized therapeutic treatment of patients with SNPs in the four investigated P450 are discussed.
Bilimsel değerlendirme
Araştırma sorusu
Sorunun kapsamı orijinal çalışma üzerinden değerlendirilir.
Yöntem ve örneklem
Çalışma tasarımı ve örneklem için kaynak makaleyi kontrol edin.
Temel bulgular
Bu kayıt için editoryal olarak onaylanmış bulgu özeti henüz yayımlanmadı.
Sınırlılıklar
Sonuçların genellenebilirliği, yanlılık ve klinik anlamı ayrıca incelenmelidir.
Bibliyografik veriden yöntem, örneklem veya klinik sonuç çıkarımı yapılmaz.